医改的核心是公立医院改革，而改变“以药养医”，让公立医院回归公益性则是公立医院改革的关键。日前有消息透露，新医改方案征求意见结束后，广东省计划在深圳、韶关、湛江三地先行试点，逐步取消目前医院15%的药品收入加成。然而，一石激起千层浪，反对之声立即铺天盖地而来。多家医院表示，此举如果不辅以配套政策，医院不仅将“少赚”钱，更可能出现“巨亏”。理由是，医院要为药品在医院里的储运、配置支付费用。同时，药品在医院的储存和管理会产生附加投入，用药过程必须有医师、药师、护士、收款人员等密切配合才能完成，医院要为用药过程“密切配合”的相关人员支付费用，这些环节的投入不会随着15%的取消而减少……想要动医院的“奶酪”，谈何容易。
公立医院回归公益性为何如此之难？专家指出，首先要弄明白什么是公益性。所谓公益性，是指为社会公众谋取利益。与之相对的是，为个人或机构谋取利益。在市场经济条件下，这两种利益是一致的。因为对于一般的行业来说，只要存在公平市场和充分竞争，企业和个人通过理性选择和自由交换，就会在个人利益最大化的同时实现社会利益的最大化，不需要专门强调“公益性”。但医疗卫生行业不同，这是由其产品和服务的特殊性所决定的。看病就医是患者生存的必然需求，不可缺少，不能替代。但医疗卫生服务不像一般商品，老百姓要买什么，准备花多少钱，大致比较清楚。一个人无法预测自己什么时间得病，得什么病，得了病需要做什么检查，怎么治疗，治疗效果如何，要付多少钱等等。这些都需要医生做出判断和选择，医生实际上扮演着患者医疗消费代理人的角色。医院或医生如果追求经济利益最大化，就很容易利用技术垄断主导患者消费，为病人提供过度或不必要的服务，导致医疗费用快速上涨和患者经济负担增加，并带来医源性疾病等后果。医疗服务的另一个特征，是存在无法克服的患者消费趋高和服务效果不确定的矛盾。一方面，患者为避免风险而不惜代价，买贵不买贱；另一方面，医疗服务领域价高不一定质优。受医学科学发展和患者自身差异的限制，患者尽管支付了昂贵的费用，但治疗结果难以确定。
公立医院是国家为实现医疗卫生事业的公益性目标而设立的机构，但目前我国的公立医院大多没有承担其公益性职责，究其原因，北京大学中国经济研究中心副主任李玲认为有五大因素：第一，虽然国家历来都把医疗卫生事业定位为“政府实行一定福利政策的社会公益事业”，但是在实施过程中，一些部门和地方还是套用一般竞争性行业的规律来指导具有特殊性的医疗卫生体制改革，导致医疗卫生事业发展经费的不足和体制机制的扭曲；第二，政府对公立医院的投入不足，对公立医院的财务收支、剩余留取、人事制度、经营管理等方面的监管不到位，甚至处于空白状态，致使公立医院的外部管理体制和内部治理机制都不完全符合公益性的要求；第三，让医院自己在市场上生存的政策，刺激了医院的营利动机，扭曲了医疗服务的价格机制，导致供给诱导需求和药品价格虚高的问题，使有限的医疗资源向购买力强的地区集中，向获利多的高端技术和设备集中，加剧了医疗服务的不公平性；第四，医院竞争方式不合理，医院为了吸引患者，竞相配备高新技术和设备，导致过度医疗等不规范行为的增加及医疗费用不断上升；第五，医疗卫生监督管理职能分散在多个部门，各项改革措施不配套，致使改革效果不理想。
有专家指出，《征求意见稿》对如何保证公立医院的公益性问题论述得较为模糊。
卫生部中日友好医院副院长彭明强表示，医院收入主要包括三个方面：药品（包括耗材等）收入、诊疗服务收入和政府补贴。想要削减药品价格加成体现医院的公益性，只有靠提高诊疗收入或者政府补贴，才能维持医院的正常运转。仅靠提高诊疗收入来弥补药品收入的减少，对老百姓来说是“换汤不换药”，因此政府补贴可能是取消药价加成后最现实的选择。事实上，政府补贴有两种途径：一是政府医疗保险模式，即政府通过举办保险，向医疗机构购买服务；二是政府医疗服务模式，即政府直接办医院，为公众提供医疗服务（不是全免费的服务，而是老百姓支付得起的服务）。政府如何补贴，在《征求意见稿》中并没有明确，同时医院的属性、定位、薪酬、人事等问题也缺乏明确的表述，因此公立医院如何从利润中心转换为成本中心，以体现其公益性，目前业内人士仍然看不到方向。
在资本市场中，国际资本和国内资本对医疗卫生服务领域一直青睐有加。但我国医疗卫生服务领域对于非国有资本则一直采取“非明确不合作”态度。
在操作层面，对于非公立医疗机构的限制造成了一种恶性循环，由于难以通过正常的手段获取利益，于是一些非公立医疗机构为了生存，就想出各种方法过度宣传或欺瞒患者，造成公众对于非公立医疗机构的不信任，影响其生存。
《征求意见稿》虽然明确了多元化、投资方式多样化的办医体制，但有专家指出，在政府与市场以及公立与非公立医疗机构的关系方面，《征求意见稿》多次强调以政府和公立医疗机构为主，市场与非公立医疗机构为辅，这样的表述过于笼统，易致实际工作中忽视市场机制在一般性医疗服务领域中配置资源的基础性作用，也有歧视民办医疗机构之嫌。
一家投资机构的老总告诉记者，目前，在医疗卫生服务领域，仅仅属于政策层面的目标确立难以显现促进效果，能够刺激资本最终投入的方法有二：一是尽快出台有关鼓励非公立资本投入医疗卫生服务的实施细则，让资本确实看到投资收益的可能性；二是树立榜样。现实生活中，投入医疗卫生服务领域的非公立资本折戟者远多于成功者。如果有几个成功的私立医疗机构成为样本，会极大地刺激资本的进入。另外，国家允许私人开办社区卫生服务机构，国家对于社区卫生服务机构的大力扶持，可能使得社区卫生服务机构成为社会资本进入的切入点。
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