除了银行贷款未能偿还，民润供应商欠款亦纠纷不断，据民润超市接近华润万家内部人士透露，上门逼讨货款者时有发生，“但华润只是托管民润，供应商的欠款需民润连锁自行解决”。
农产品证券事务部人士对记者表示：“目前民润连锁的股权转让问题尚未落实，在该公司债务问题也没有明确处理方案，原股东方与收购方仍在继续谈判。”
然而本报记者从农产品内部获悉，华润收购民润连锁股权的主要障碍方来自民润连锁大股东汇科系统（香港）有限公司（以下简称汇科），分歧的焦点依然是民润连锁的历史债务的处置问题。“汇科或将起诉华润。”该公司内部人士透露。
此次农产品公布对民润连锁的贷款连带责任担保共两笔，其一是2008年9月，农产品为民润连锁向建设银行贷款1亿元提供的连带责任担保，该担保至2010年8月28日到期，其次是2009年11月，农产品延续为民润连锁向浦发银行贷款3000万元提供的连带责任担保，该担保至2010年5月30日到期；截至目前，民润连锁尚未还款。
农产品表示，由于民润账面反映已资不抵债，而公司重组事宜仍在进行中，尚未达成协议，担保损失存在不确定性。农产品已按两项担保总额的50%（6500万元）预计损失，确认预计负债。
农产品目前持有民润连锁47.76%的股权，2008年底，农产品控制人深圳市国资委与华润集团达成战略性合作协议，规划了一揽子合作项目，而民润连锁的重组也划归此规划议程中。
华润集团旗下华润万家成为整合民润连锁的主体平台，为此，华润万家内部组建了民润重组管理小组，2009年4月，派出管理层进驻民润连锁，华润万家华南区标超营运总监谢刚为负责人的工作团队接替原民润公司管理团队负责民润公司的经营管理工作。
股权收购尚未完成，华润以托管的形式先行对民润连锁进行整合，此后，华润万家被拖入民润重组的种种纠纷中。
据民润连锁原食品供应商卢坤介绍，民润连锁的欠款远远超出华润的预估，整合工作进展不到三个月，民润超市拖欠供应商的货款已经达到3亿-4亿元，加之民润连锁的银行欠款，其总债务超过5亿元。
此外，尚未扭亏的民润连锁在重组中不断派生新的重组成本。据华润万家公开资料显示，该公司在整合民润连锁的过程中，关闭了民润连锁20余家亏损店面，另80家门店欲通过转租或重新租赁的形式更换为华润万家的品牌，并纳入华润万家管理系统进行统一管理，对原民润连锁的员工，华润万家采取了不降职、不降薪、保持工龄的接收政策。
然而，上述的整合政策推行艰难，今年下半年以来，华润万家深陷民润连锁劳工和供应商欠款纠纷。据记者了解，目前，民润连锁老员工尚有219名拒绝重新与华润万家续签合同，而要求工资补偿。今年7月7日，深圳市劳动争议仲裁委员会进行裁决，民润连锁需向219名申请人支付解除劳动合同经济补偿金275万余元，同时向其中204人支付加班工资差额48万余元。两项金额共计320余万元。
与此同时，华润万家民润管理组对民润连锁原供应商债务进行打折处理，“原计划是所有债务七折偿还，后来降到五折”。卢坤说，“事实上，每个供应商不一样的，这要靠个人的谈判能力，还有与华润万家的合作关系。”
谈判的艰巨性可想而知，华润万家内部人士透露，民润连锁的供应商债务还款难以推进，民润连锁目前已完成重装开业40余家门店，赢利能力有限，无法在短期内还款。
“仅仅依靠民润连锁自行经营解决债务问题是不可能的，股东方和收购方必须尽快明确对债务处理的责任义务。”民润连锁一位供应商认为。
民润连锁从2005年以来一直处于亏损阶段，到2008年累计亏损超过4亿元。2005年开始，民润连锁的原第一大股东即开始对该资产进行剥离，引进英国安石基金，向该基金出让52.24%股权，并协议未来使该基金持股量上升至70%以上。
此后，安石基金并未如期进行后续增持，2007年10月，香港汇科购入英国安石基金手中持有的民润连锁股权，成为该公司大股东。按该售股协议，汇科为民润连锁欠下安石基金一方的债务作担保，涉及1250万美元及1000万港元。
香港汇科公司由信义科技集团和李嘉诚拥有的长江实业集团旗下智财宝发展有限公司分别持有70%和30%的股权，其实际控制人为李圣泼，该公司业务核心提供物流、供应链软件系统，主要客户是香港和记黄埔系子公司、香港地下铁路有限公司、英国TESCO、太古饮料（可口可乐）等。
汇科是次收购民润连锁，意在与农产品达成一系列资产整合协议。按照最初计划，农产品将剥离其旗下深深宝股权资产，将其持有深深宝的21.21%的股权悉数转让给香港汇科，转让价为每股8.63元。
此后，资本市场于2007年底一路下跌，深深宝的股价由签协议时的12元/股跌破8.63元，A股上市公司市值普遍缩水的情况下，深深宝股权交易迟迟未能完成。
收购深深宝未果的香港汇科遂放弃继续增持民润连锁，农产品剥离民润连锁资产的愿望落空。
“民润连锁债务是原股东管理期的历史遗留问题，这个问题没有解决，股权收购难以推进。”华润万家人士认为。
2009年，华润万家营运总监陈硕公开表示，民润连锁纳入华润系统是迟早的事，资产整合至此，民润连锁的债务、劳工、股权纠纷并未好转，上述农产品证券事务部人士称，该公司正在极力协调各方解决民润重组事宜。
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