债权凭证在实施中的确对执行工作起到了一定的作用，而相关规定，对于债权凭证的实施也的确起到了良好的规范化作用，保证了债权凭证在发放过程中的严肃性。但是同时，债权凭证在实践过程中也出现了一些问题，这些问题已经日益突出。主要有：
一是债权凭证没有改变人们"法律白条"的认识。在过去很长一段时间里，广大民众甚至许多法官都认为法院对执行案件中止执行是法院向当事人开具"法律白条"。现在各地法院逐渐以债权凭证代替执行中止，案件大量终结执行，表现在司法统计报表上则是执行积案件的减少，从而在法院系统内部特别是法院领导中逐步形成债权凭证是解决"执行难"良方的意识。但广大民众，由于人们注重的是执行结果，而非执行措施，不管法律文书名称叫债权凭证还是执行中止(终结)裁定书，人们都不会改变法院依然在开具"法律白条"的看法。同时由于法律文书名称的随意变化，更给当事人一种法院在糊弄人的感觉。影响法院形象和司法权威。
二是债权凭证的实施增加了法院的工作量。根据民诉法第234条的规定中止执行必须查明的事实是如下之一：申请执行人表示同意延期执行;案外人对执行标的提出有理由的异议;作为一方当事人的公民死亡需要等待继承人继受权义;被执行人暂无财产可供执行。法官查清该事实之一后进行合议、制作中止合议笔录和中止执行裁定书，最后归档。在权利人有证据证明被执行人有财产可供执行时再向法院登记或立案手续。与此相比较，债权凭证的办理一点也不简便。执行中止上述手续在办理债权凭证时一样也不能少，同时发放债权凭证还要做笔录、制作终结裁定、填写内容繁杂的债权凭证。在制作债权凭证前又常要通知申请执行人核对债权数额。工作量比执行中止大大增加。
三是债权凭证的实施增加诉讼成本。首先法院发放的债权凭证要便于携带、保存，由此增加了法院制作债权凭证的工本费。有些法院以该工本费系执行的实际费用为由向当事人收取，将费用转嫁给申请执行人承担，在权利未实现时又增加一项费用，对申请执行人而言无疑是雪上加霜。其次，由于债权凭证只能发一份由权利人自己保管，这无疑增加当事人保管债权凭证的精力与负担。第三，如果债权凭证遗失或毁损，权利人又要申请公告注销，增加当事人的公告费用与时间,甚至可能使当事人的实体权利丧失。影响当事人权益的实现。
四是债权凭证的实行，极容易导致执行人员滥用职权。当执行案件陷入执行困难、一时无法执行时，按照以往的做法，一般是暂时中止执行，但中止执行不算结案。但是在实行了债权凭证制度后，由于债权凭证被赋予了终结执行程序的作用，执行人员就往往会采取发放执行债权凭证的做法去解决，使案件在统计上"结案"，这实际上是滥用了职权。由于债权凭证的滥用，导致一大批不符合执行终结的案件却在实际上被宣判了"死刑"。表面上看当事人的权益没有受到损害，实际上，由于案件本来能够继续执行却被实际上终结，当事人的合法权益已经受到了侵害。因此，这种制度的合法化极可能为执行机构怠于采取执行措施，疏于保护债权人的合法权益，袒护债务人甚至办关系案与人情案提供合法外衣，降低民事执行的效率与效益，损害执行机构的权威性，造成新的执行难与乱。
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