建设工程合同纠纷中有关工程款纠纷案件，在目前的司法实践中主要存在以下八大疑难问题：
1、对严重拖欠工程款的背景下，作为最底层的农民工工资如何保护;
2、一个项目先后签订几份合同即黑白合同，应以什么作为计价依据;
4、拖欠工程款可以顺延工期，凭什么可顺延，顺延应具备什么条件;
6、发包人迟迟不确认工程结算应以什么作为处理依据;
7、造价鉴定应如何把握，鉴定结论是否自然可作为判决依据;
拖欠农民工工资是拖欠工程款派生的直接影响社会稳定的大问题，而且农民工工资问题还往往因为工程转包或不规范分包使问题更加复杂。在立法层面，农民工工资问题的合同载体劳务合同，甚至在目前建设工程法律框架中没有任何法律、法规有所涉及。对于农民工的拖欠工资问题，司法解释第29条对农民工工资问题作出特别的保护性规定：“违法分包合同和转包合同被确认无效，实际施工人与发包人已全面实际履行合同并形成事实上的权利义务关系，实际施工人向发包人主张权利的，人民法院应当支持。实际施工人以分包人、转包人和发包人为共同被告起诉的，请求承担连带责任的，应予支持。”司法解释作出这样的规定，可以从我国《民事诉讼法》第97条寻找到依据。该法条规定：“人民法院对下列案件，根据当事人的申请，可以裁定先予执行：(一)追索赡养费、抚养费、抚育费、抚恤金、医疗费用的;(二)追索劳动报酬的;(三)因情况紧急需要先予执行的。”本人认为司法解释对解决农民工工资作这样的规定有法律依据。
此外，针对实践中与农民工工资直接相关的劳务合同，司法解释第7条还规定：“当事人主张总承包人、分包人与具有劳务作业法定资质的劳务作业承包人签订的劳务作业分包合同性质为转包合同;请求确认无效的，不予支持。”这一条司法解释的相应规定，事实上确认了劳务合同的合法性。至于劳务合同与转包合同的区别，主要视这两种合同指向的标的。劳务合同仅涉及人工费，不涉及分包工程;转包合同不仅涉及劳务，更主要的是合同指向的标的是分包的工程。从技术层面分析，劳务合同只计算人工报酬，一概只包人工;而转包合同计算的是分包工程的价款，是包工又包料的承包形式。
目前司法实践中又一个突出的矛盾是承发包双方当事人就一个工程在中标前后签订两份或两份以上合同，而数份合同的计价方式各不相同，在施工过程中双方往往实际履行的是未经中标备案的黑合同。对此类情况，不少办案法官无所适从，判案思路各不相同。司法解释第23条对此作出统一规定：“当事人就同一建设工程再行订立与中标合同的实质性内容不一致的其他合同，应以中标并经备案的合同作为结算工程款依据。”司法解释仅对黑白合同的工程款的结算依据问题作出统一规定，这对黑白合同在司法实践中的主要矛盾已经开出了最有用的药方，有助于此类疑难案件的切实解决。
至于黑白合同的不同表现以及评判标准，笔者认为黑白合同主要有以下三种情况：第一、依法应招投标的工程，以是否通过招投标来判断黑白合同;第二、地方政府对工程合同有备案或审批规定的，以是否经过备案或审查来判断黑白合同;第三，不属于上述两种情况，当事人先后签订了两份内容不一的合同,以是否实际履行来判断。针对上述三种不同情况，因准确依照法律的有关规定认定其效力，第一，如果这个合同是必须招标而没有招标的，出现了黑白合同，以经过招投标的为准。第二，合同按照政府规定应当经过备案的，先后签了两份合同，一份是备案的，一份是没有备案的，以备案的合同为准。第三，先后签订的两份合同，不属于前面有特定要求的，那么，两份合同当中，以实际履行的合同为准。这就是评判黑白合同的效力标准。
在审理拖欠工程款案件中的另一个具体问题，是被拖欠的工程款应如何计算利息。由于承包人的履约管理以及资料积累方面存在的缺陷，在司法实践中往往难以确定拖欠工程款从何时开始，利息计算的起始时间同时成为审判中的一个难题。司法解释第21条对此作出明确规定：“合同对拖欠工程款利息没有约定，发包人应当按照中国人民银行发布同期同类贷款利率向承包人支付拖欠工程款利息。利息自约定付款次日起算。没有约定付款时间或者按照约定难以确定付款时间的，利息自合同约定的工程款结算之日起算。难以确定工程款结算时间的，以工程交付次日起算。”
