1、确定认案件的举证责任主要由原作出司法行为的人民法院承担，应包括行为责任和结果责任。在审理人民法院国家赔偿确认案件中，原司法行为是人民法院作出的，人民法院应当掌握作出原司法行为的事实和法律依据。法院做出某一司法行为，一般已经经历了一个完整的法律程序，其对事实认定是以证据为基础的，原作出司法行为的人民法院负举证责任，实际上就是将其被申请确认违法的司法行为的‘案卷'拿出来。而且，审理确认案件的也是人民法院，与确认申请人相比，人民法院明显占据优势地位。因此，为切实保障确认申请人的合法权益、体现司法公平原则，对于确认案件的审理，在一般情况下应适用举证责任倒置原则，减轻确认申请人的举证责任。原作出司法行为的人民法院要对其行为的合法性承担举证责任，不仅必须提供证据证明自己做出司法行为之前提事实的存在，还要提供做出该司法行为的法律根据，以证明原司法行为合法。如果原做出司法行为的人民法院不能证明自己被申请确认的司法行为合法，则无须确认申请人证明其行为违法，就承担被确认违法的法律后果。
2、审理确认案件中，应对原作出司法行为的人民法院的取证进行限制。最高人民法院《关于证据的规定》公布实施后，行政诉讼的证据规则体系科学完整，各自的举证责任规定完善。因此，确认案件的证据规则，可借鉴行政诉讼的证据规则，对原作出司法行为的人民法院的取证进行限制。如：在行政诉讼中不仅被告及其诉讼代理人不能自行向原告和证人收集证据，而且只有原告、第三人才可以申请法院调取证据，原告、第三人不仅可以对法院委托的鉴定部门作出的鉴定结论申请重新鉴定，对被告据以认定案件事实鉴定结论也可以申请重新鉴定，被告无正当理由拒不到庭而需要依法缺席判决的，被告提供的证据不能作为定案的依据，行政执法人出庭作证以及主要是针对行政机关的非法证据排除规则。因为，面对拥有司法权的强大的行政机关，确认申请人总是处于弱势，通过证据规定加强对弱势方的保护，如举证责任的分配不同，举证时限的最后期限定有差异，取证限制不同，以及主要是针对人民法院的非法证据排除规则，可以充分体现对确认申请人合法权益的保护，使对弱势方保护的倾向更加明确、清晰。
3、审理国家赔偿确认案件中，确认申请人亦应当承担一定的举证责任。如：第一、关于申请确认人民法院不作为构成违法的证据责任问题，因确认不作为案件须确认申请人曾申请人民法院实施一定司法行为，如果没有申请行为这一前提，人民法院拒绝、拖延等不作为行为当然无从谈起。因此，确认申请人应当提供其曾经提出申请的证据材料。而被申请的人民法院则应对其不作为行为的合法性承担相应的举证责任。即申请确认人民法院不作为构成违法，实行举证责任分担原则。 第二、关于确认申请人因人身权损害申请确认违法的，确认申请人应当承担举证责任。审理人民法院国家赔偿确认案件中，在举证责任的分担上偏向于确认申请人，仅仅是由于司法行为中法律关系的双方职权的不平等。但是，审理人民法院国家赔偿确认案件在举证责任的分配上也不能完全采取由确认申请人或原作出司法行为的人民法院一方来举证的做法。只有双方互有举证的义务，共同向法庭举证、质证，并且根据法律要件的不同（或者不同的司法行为的性质）来确定证明责任的分配，才能确保实质的平等。总之，人民法院在审理确认案件中，应当合理确定确认申请人的举证责任。但无论确认申请人的证据是否成立，根据《赔偿确认规定》，原作出司法行为的人民法院都应当对自己作为或不作为的司法行为的合法性作出说明。
4、国家赔偿确认案件的举证责任应体现对国家利益和社会公共利益的关注与保护。对此可以参照最高人民法院《关于证据的规定》的相关方面：一是对当事人无争议，但涉及国家利益、社会公共利益或者他人合法权益的事实，人民法院可以责令当事人提供或者补充有关证据；二是证据涉及国家秘密的，由法庭予以确认，并不得在开庭时公开质证；三是涉及国家利益、社会公共利益和他人利益的事实认定的，审理确认案件的人民法院有权依职权调取证据。这样不仅有利于国家利益和社会公共利益的保护，同时也可以让我国国家赔偿确认案件的举证责任规定更趋完善。
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