1、权利不对等。我国宪法明确规定："法律面前人人平等"。这里的"人"包括自然人和法人，当然也包括国家机关。作为刑事赔偿义务机关的司法机关和刑事赔偿请示人的权利义务应该是对等的，但刑事赔偿程序的规定并没有体现出对等原则，而是不利于赔偿义务机关，从而失去了刑事赔偿的公允性。刑事赔偿程序规定赔偿请求人享有申请复议权，并采取二级复议制，即刑事赔偿请求人对被要求赔偿的赔偿义务机关提出赔偿请求，而赔偿义务机关不予确认的，赔偿请求人有权申诉，对逾期不予答复或有异议的可以向上一级机关申请复议，对复议不服的，可以向复议机关的所在地同级人民法院赔偿委员会申请作出赔偿决定，而对于赔偿请示人的相对方--赔偿义务机关却没有同等的权利，赔偿委员会作出的赔偿决定，是发生法律效力的决定，必须执行"。却没有上诉权，即使是错误的决定。由于权利不对等，从而使国家利益遭受不必须的损失。
2、不适用诉讼程序，不利于案件的公正审理。《赔偿法》刑事赔偿程序只采取确认程序、协商程序、刑事复议程序和赔偿决定程序，而不采用诉讼法上规定的协商、调解、仲裁、诉讼程序。赔偿委员会决定一经作出，即发生法律效力，必须执行。当事人不服的，不能向法院起诉，从而限制了赔偿义务机关权利的实现，也可能导致错案在合法的外衣下"公正"执行。
3、人民法院对刑事赔偿案件由于不适用诉讼程序，只作程序审而不作实体审，不利于案件得到客观、公正、全面地审理。《赔偿法》只规定了刑事赔偿委员会的组成和工作方式，而对赔偿案件的立案，侦查和审理程序没有作出具体规定。所以赔偿委员会对案件真实情况、证据收集和核实并不负有义务，故易作出错误的赔偿决定。
4、缺乏监督制约机制，导致错误的赔偿决定无法通过监督程序加以更正。《赔偿法》第二十三条规定"赔偿委员会作出的赔偿决定，是发生法律效力的决定，必须执行"。由于缺乏有效的监督制约机制，使即使是错误的赔偿决定也必须执行，否则就是违法行为，这并不是我们所追求和愿意看到的现象，如果这种情况一旦发生，那便是《赔偿法》的悲哀!同时公、检、法三机关互相制约的规定也就失去了它本身的意义，检察机关的法律监督权也就成了一纸空文。
