诉讼中，原审法院根据马树林的申请启动司法鉴定程序，委托湖南大地工程咨询有限公司对争议施工段的劳务工程量进行鉴定，湖南大地工程咨询有限公司出具湘大地特审字〔2007〕第99 号鉴定报告，鉴定结论为：1、根据施工期间结算资料确认醴潭高速公路K44+850-K46+360路基工程款价款为5 064 265元,;申请人已明确认可就扣除的款项：1 827 061元。由法院裁定项目：1、土石方比例变化：1)如湖南省醴潭高速公路第二监理处2007年10月12日出具的土石方情况说明为有效证据，则因土石方比例变化扣减申请人工程价款：402 457;2)如《土石分界现场测定数据表》为有效证据，则因土石方比例变化增加申请人工程价款：378 931元;3)因双方证据互相矛盾，如达不成一致意见，则由相关地质勘探部门现场取样鉴定确认土石方比例，按鉴定比例调整结果;2、如K45+422管涵接线、K45+420-K45+804新水沟开挖为申请人施工，则应增加申请人遗漏项目工程价款：46 987元;3、被申请人认为应该扣除而申请人不予认可的扣款：15 000元。该鉴定报告相关问题说明：1、……;2、……3、工程保留金根据合同的约定，按实际完成工程结算价款总额(不含就扣除的借款)的5%留至质保期满;4、钢筋混凝土盖板涵单价符合合同的约定;5、K45+420-K45+804旧水沟回填包含在结算土石方总量中;6、工程价款结算时，申请人应负责交纳申请人应承担的个人所得税与提供劳务发票;7、根据申请人提供证明，本鉴定报告鉴定范围由K44+800-K44+360调整为 K44+850-K46+360(施工段)，故：1)表1场地清理1.56KM相应调整为1.51KM，扣除0.05KM，合价扣除1500元;2)鉴定结论第1条“根据施工期间结算资料确认无争议工程价款：5 064 265元”调整为“根据施工期间结算资料确认无争议工程价款：5 062 765元(见表1-1)”。二、由法院裁定项目第1条第2)项“如《土石方分界现场测定数据表》为有效证据，则因土石方比例变化增加申请人工程价款：378 931元(见表4)”更正为“如《土石方分界现场测定数据表》为有效证据，则因土石方比例变化增加申请人工程价款：318 552(见表4-1)”。三、相关问题说明第7条“本鉴定报告鉴定范围由 K44+800-K44+360 (施工段)调整为K44+850-K44+360(施工段)”更正为“本鉴定报告鉴定范围由K44+800-K46+360(施工段)调整为 K44+850—K46+360(施I段)”。
因上述鉴定报告中第五项中由法院裁定项目中土石方比例马树林、省建工集团产生争议，省建工集团申请对施工段土石方比例进行鉴定，原审法院启动司法鉴定程序，委托湖南省科协司法鉴定中心对马树林施工段的土石方比例进行鉴定，湖南省科协司法鉴定中心作出省科协司鉴中心(2008l建(质量)鉴字第006号司法鉴定书，鉴定结论为：由于该鉴定需要确定的是施工方在施工过程中所挖除的土、石方比例，而此次现场取样、试验的是施工后留下的边坡土石方，故鉴定工程只能采取近似和对比的方法，即：将该鉴定路段K44+850-K46+360段的357米挖方施工段视为一个整体，设定被挖除的土石方成分成均质分布。通过随机抽取的相邻边坡的样品数量和检测报告结果判定，鉴定专家组得出的最终结论是：K44+850-K46+360施工段的挖方中，土的成分比例为(5/6)×100%=83.3%;石的成分比例为 (1/6)x100%=16.7%。
就湖南省科协司法鉴定中心所作出的省科协司鉴中心(2008)建(质量)鉴字第006号司法鉴定书对土石方比例的鉴定结论是否能全面、真实反映K44+850-K46+360施工段的土石方比例，原审法院对发包方醴潭高速公路建设开发有限公司进行了调查，发包方认为作为建设单位，未收到任何对土石方比例成分划分有意见的异议书，发包方无需其他机构对已确定的土石方成分划分再进行鉴定，发包方与本案省建工集团省建工集团就土石方比例结算的依据为“7标(K41+150-K46+360)土石分界现场测定数据表”。
本案在二审审理过程中，经本院主持调解，当事人之间自愿达成如下协议：
一、湖南省建筑工程集团总公司支付马树林工程劳务费31万元，该款在2009年10月1日前一次性付清(马树林不出具劳务发票);
二、质保金244 859元按双方签订的《公路工程施工劳务合同》的约定执行;
本案二审案件受理费7300元，减半收取3650元，由湖南省建筑工程集团总公司、马树林各承担1825元。
