一、主体和客体不同股权收购的主体是收购公司和目标公司的股东，客体是目标公司的股权。而资产收购的主体是收购公司和目标公司，客体是目标公司的资产。
二、负债风险差异股权收购后，收购公司成为目标公司控股股东，收购公司仅在出资范围内承担责任，目标公司的原有债务仍然由目标公司承担，但因为目标公司的原有债务对今后股东的收益有着巨大的影响，因此在股权收购之前，收购公司必须调查清楚目标公司的债务状况。对于目标公司的或有债务在收购时往往难以预料，因此，股权收购存在一定的负债风险。 而在资产收购中，资产的债权债务状况一般比较清晰，除了一些法定责任，如环境保护、职工安置外，基本不存在或有负债的问题。因此，收购公司只要关注资产本身的债权债务情况就基本可以控制收购风险。
三、税收差异在股权收购中，纳税义务人是收购公司和目标公司股东，而与目标公司无关。除了合同印花税，根据《关于企业股权投资业务若干所得税问题的通知》的规定，目标公司股东可能因股权转让所得缴纳所得税。 资产收购中，纳税义务人是收购公司和目标公司本身。根据目标资产的不同，纳税义务人需要缴纳不同的税种，主要有增值税、营业税、所得税、契税和印花税等。
四、政府审批差异股权收购因目标企业性质的不同，政府监管的宽严程度区别很大。对于不涉及国有股权、上市公司股权收购的，审批部门只有负责外经贸的部门及其地方授权部门，审批要点主要是外商投资是否符合我国利用外资的政策、是否可以享受或继续享受外商投资企业有关优惠待遇。对于涉及国有股权的，审批部门还包括负责国有股权管理的部门及其地方授权部门，审批要点是股权转让价格是否公平、国有资产是否流失。对于涉及上市公司股权的，审批部门还包括中国证券监督管理委员会，审批要点是上市公司是否仍符合上市条件、是否损害其他股东利益、是否履行信息披露义务等。 对于资产收购，因目标企业性质的不同，政府监管的宽严程度也有一定的区别。对于目标企业是外商投资企业的，我国尚无明确法律法规规定外商投资企业资产转让需要审批机关的审批，但是因为外商投资企业设立时，项目建议书和可行性研究报告需要经过审批，而项目建议书和可行性研究报告中对经营规模和范围都有明确的说明。若外商投资企业资产转让后，其经营范围或内容有所改变是否需要审批呢?《关于外商投资企业境内投资的暂行规定》第13条明确规定，＂外商投资企业以其固定资产投资而改变原经营规模或内容的，投资前应向原审批机关申请并征得原审批机关的同意＂。因为该《暂行规定》仅适用于外商投资企业投资的情形，而不能直接适用于外商投资企业资产转让的情形，因此可以认为就现有规定来看，外商投资企业资产转让是不需要审批的。此外，若转让的资产属于曾享受过进口设备减免税优惠待遇并仍在海关监管年限内的机器设备，根据《对外商投资企业进出口货物监管和征免税办法》的规定必须首先得到海关的许可并且补缴关税后才能转让。对于目标企业是国有企业的，资产收购价格一般应经过审计和政府核准。对于上市公司重大资产变动的，还应按照《关于上市公司重大购买、出售、置换资产若干问题的通知》的规定报证监会批准。 值得注意的是，我国至今尚无一部统一的《反垄断法》对公司收购行为予以规制。仅在不久前开始实施的《利用外资改组国有企业暂行规定》第9条中原则性规定国务院经济贸易主管部门有权＂对可能导致市场垄断、妨碍公平竞争的，在审核前组织听证＂。但是，因为《利用外资改组国有企业暂行规定》仅适用于外资收购国有企业的情形，对于其他企业的收购行为，政府并无明确的法律依据进行反垄断审查。
