尽管收购协议的当事人是收购方以及目标公司的股东。但是通常情况下，收购方进行收购之前会与目标公司董事会提出收购意向，双方就收购事项进行磋商和谈判，最终就收购事宜达成一致意见。在大多数情况下，这些工作是在收购方与目标公司之间秘密进行的。所以协议收购一般都是善意收购。
关于收购协议内容的协商和谈判的注意事项，参见本书关于非上市企业并购的兼并协议部分内容。
征得被收购股权所有人或其代表的同意，以及向有关主管部门申请批准转让
依据《上市公司收购管理办法》第16条的规定，涉及国家授权机构持有的股份的转让，或者须经行政审批方可进行的股份转让的，协议收购相关当事人应当在获得有关主管部门批准后，方可履行收购协议。
所以，如果股权转让协议涉及国家股或者（国有法人股），必须向相应的国有资产管理部门提出报告，申请批准。另外有些特殊股份的转让还必须征得有关主管部门的批准。例如，在转让股份为外资股的情况下，必须获得外资管理部门的批准；如果上市公司为金融类公司，那么还必须获得中国人们银行总行的批准。如果出让的股份为非国有性质，那么股份持有人即为其所有人，只需征得持股股东的同意即可。
股权转让协议是上市公司收购中最重要的法律文件，协议双方当事人应当在协议中约定收购股份的数量、价格和履行方式、期限、双方的权利义务。股权收购协议实行的是有限的意思自治原则，即协议双方只能在证券法律规范允许的范围内进行自由的协商。如果双方的协议内容超出了有关证券法的强制性内容，那么这些条款是无效的。
收购方以及目标公司在协议收购股权的过程中，双方签订收购协议以后必须履行法定的报告、公告义务，这实际上是信息披露制度在协议收购程序的要求。信息披露制度是证券法的一项基本制度。它始于1845年英国公司法关于公司章程的公开以及招股章程所载内容披露的规定，其目的在于使投资者在购买股票之前能充分了解发行公司的有关信息，然后自行决定是否购买。英国公司法中的公开制度被美国1933年证券法和1934年证券交易法采纳，目前已被各国接纳为证券法的一项基本原则，该原则在体现为与上市公司收购有关的重要信息均应充分披露，使面临收购的目标公司股东能够自行作出有根据的决定。因为只有这样，才能切实消除上市公司收购中的信息垄断，防止内幕交易和证券欺诈行为的发生，从而真正保护所有投资者的合法权益。
协议收购双方履行收购协议，办理股权转让过户等相关手续
协议收购相关当事人完成上述程序之后，进入协议履行阶段。双方应当按照协议中约定的关于拟转让的股份的数量、价格、支付方式、履行期限等规定履行收购协议。
