也称为间接收购或敌意收购，是指企业通过交易所的证券交易系统购买上市公司股票，直到取得上市公司控股权的收购方式。 在上市公司股权全部流通的情况下，间接收购是最直接，也是最常见的企业并购方式。但这种市场化的收购方式由于要面对众多个性化的投资者，并购的难度相当大。一方面收购造成原有股票的供求平衡被打破，股价上涨直接结果是企业并购所需成本的增加。另一方面，要遵守相关的交易法规。我国的《证券法》第７９条第一款明确规定，通过证券交易所的证券交易，投资者持有一个上市公司已发行的股份的５％时，应当在该事实发生之日起三日内，向证监会、交易所作出书面报告，通知该上市公司，并予以公告；在上述规定的期限内，不得再行买卖该上市公司的股票。每收购５％的股权都要暂停收购并向市场披露，而每次举牌都会提高原股东的期望转让价格，还会引发市场投机者参与抢购。其结果直接促使股价的飞涨，收购者根本无法预算收购一个上市公司所需要的资金成本，极有可能导致收购的失败。 因此，二级市场收购方式一般在上市公司控股股东的持股比例很小的情况下才适用，只有当企业通过二级市场购买股票达到需要披露的股权比例的时候，企业已经获得控股地位或者已经距离控股地位不远，收购才有望完成。
要约收购是境外证券市场最主要的兼并收购的形式，要约收购最重要的特点是要约对象面向全体股东，从而为所有投资者提供了平等的售股机会，真正体现证券市场“三公”原则。我国证券法第四章中涉及要约收购条款达１７条之多，充分反映了对这一收购方式的重视。 但是，要约收购的例子在我国证券市场中还是非常少见。典型案例有１９９４年的光大国际信托投资公司通过要约收购，在ＳＡＴＱ系统成功获得广西玉林机器股份有限公司的控股权。最近披露的郑百文的重组案中，虽然重组方案有关要求“全体股东向三联集团过户其所持股份５０％”，“不同意过户的将由公司回购”的条款有剥夺了投资者在处置自己股票时的自主权的嫌疑，但从其性质来看，也可视为对郑百文全体股东发出的一种强制性收购要约。 要约收购由于避免了多次举牌造成的股价波动，在全流通市场中比直接通过二级市场购买股权更具有可操作性。
协议收购是我国目前证券市场普遍运用的并购方式。虽然其主要应用于非流通股的转让，但我国《证券法》及相关法律对协议收购的股权是流通股还是非流通股并无限定。法律没有禁止的行为都是合法的行为，从这一点看，理论上可以认为协议收购适用于对上市公司流通股权的收购。 协议收购可以由收购方与部分股东签订超过５％的股权转让协议后，再将其协议报告证监会、交易所并公告，避免了多次举牌造成的股价波动，有利于收购方的操作。但私下操作的形式也极有可能侵犯了其他股东以同样条件转让股权的权利，因而从某种程度上违反了公平性原则。协议收购在全流通股权的创业板中应用仍有一些障碍需要突破。
除了以上常用的几种方式可以用于收购全流通股权上市公司外，企业还可以采用一些其他方法来参与创业板的并购。如委托书收购、吸收（或控股）上市公司的母公司、股权置换收购（兼并）等。 委托书收购自以胜利股份的股权之争后，已为投资者所了解。企业持有的股权虽然不足以成为上市公司的控股股东，但可以通过向其他投资者征求投票权委托书来获得足够的股东大会表决权，并进一步选出收购方具有相对优势的董事会，从而控制上市公司的方式就是委托书收购。这种不以实质控股权占有为基础的收购相对股权收购可以极大地节约收购成本，在全流通股权市场中也能避免股价的波动。但是，理想的运做并不一定带来成功的结果，过去的“君万之争”和现在的“通胜之争”，都没有成功地通过委托书收购入主上市公司，表明这种收购方式并不如收购要约或协议转让在转移控制权方面来得有效。即使委托书收购获得了成功，新控股股东的地位也是极不稳的。在一次股东大会成功行使完表决权后，下次若不能继续获得相应股权的支持，收购方有可能马上失去对上市公司的控制。因此这种收购一般只发生在大股东之间对不同方案争议的解决上，而非长治久安之计。 收购全流通上市公司控股股权不可测因素较多，难度较大。如果上市公司的母公司不是全流通上市公司，控股甚至是吸收合并上市公司控股股东，也同样可以实现借壳上市的目的。这种以收购法人实体来实现股权转让的方式对创业板上市公司并购极具意义，避开二级市场使到大宗流通股的转让时对市场股价的冲击大为减少，不但增加了创业板企业并购的可操作性，同时也有利于维护证券市场的稳定。 全流通股权上市公司的企业并购方式虽然很多，但以收购方的角度来说不外乎要求在法律允许的条件下，以最小的成本完成收购。这就需要按实际情况来选择最有利的企业并购方式。
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