首先，在要约收购中，一旦收购方暴露意图，被收购方若不予合作，常以反收购的方式对抗，那么必然导致股价狂升。
其次，原有法规造成的要约收购困难。《股票发行交易暂行条例》中规定，收购方在持有目标公司发行在外的普通股达到5%时要作出公告，以后每增持股份2%时要作公告，且自该事实发生日起二日内不得购买该股票，当持股数达到30%时应当发出收购要约。由于初次公告时持股比例偏低，只有5%，致使收购者目的过早暴露；持续购买比比例只有2%，当持股数达30%应当发出要约时，收购方已公告13次。这样算下来，收购上市公司股权30%至少要十几个交易日，持续一个多月，使股票市场的短期性和高频率特性丧失殆尽，股价不断上涨，给收购方带来巨大成本障碍。
第三、我国协议收购的股份转让方多为国有股股东（我国大部分股份公司国有股处于控股地位），而受让方多为法人企业，股份转让或多或少存在一些行政色彩，因此，在协议收购中，目标公司股份的转让价格大部分低于市场价格。我国几起重要的协议收购，其股份转让价格都低于股市价格，如，浙江康恩贝集团股份有限公司受让兰溪市财政局持有的浙江省凤凰化工股份有限公司国家股，转让价格只有2.202元。（《中国企业兼并全书》，中国经济出版社1995年版384页）
第四、如果以要约收购方式取得控股地位，收购方必须考虑《证券法》81条的规定，即投资者必须依法向上市公司所有股东发出要约，而所有股东就不仅包括流通股股东，还有非流通股股东。
如果要约中的收购价低于流通市价，流通股股东不可能转让所持股份，要约的实质只是收购方与非流通股股东之间的交易。如果非流通股只集中在少数法人手中，收购方大可不必用“要约”方式，以协议方式更简洁，成本相对低廉。
如果收购方以流通市价发出要约，流通股股东所持股票必倾囊而出，而收购方受要约规定所制，也必须等比例地从非流通股股东手中以高出流通市价地要约出价收购其股份。在牛市，收购成本必定高得惊人。任何一个理智的收购方，如果其目的在于收购上市公司而不是炒作上市公司的股票，都不太可能以这种不计成本的方式发动要约收购。
正是由于以上原因，我国上市公司收购中收购方对要约收购总是“敬而远之”，而对协议收购却是“情有独钟”，所以长久以来，协议收购是我国证券市场上资产重组的主要方式。
