第一，国有资产定价问题 。在国有企业改制过程中，人们议论最多和最关心的是国有资产是否流失的问题。怎么判断国有资产到底流失还是不流失，关键是如何对现有国有资产进行定价。按照国际惯例，对每一个资产一般都有两个价格，一个是管理价格，一个是交易价格。资产的管理价格主要是由投资数量来决定的，投资了多少，折旧或损失了多少，还剩余多少，也就我们企业资产负债表上的净资产额;而资产的交易价格主要是由资产的赢利能力决定的，购买者购买资产的目的是为了赢利，交易时并不完全取决于资产净值，而是对资产赢利能力的预期。在改制过程中，国有资产的转让采用的应该是交易价格，而不应是管理价格，所以不能简单地把国有资产转让价格是低于或者高于国有资产净值来判断国有资产是否流失。目前，在国有企业改制中普遍要求国有资产转让实行拍卖交易，就是逐步地使国有产权转让规范化。
第二，国有企业债务负担和潜亏问题。 由于国有企业长期以来承担了大量的社会职能、国家作为投资主体缺少投入、出资者不按产权的实际收益获取利益、国有产权激励机制和约束机制不到位等因素的影响，致使很多国有企业债务负担沉重和潜亏严重，在改制过程中如何将债务负担转化成为正常债务，使企业债务达到合理的水平;如何处理历史潜亏，还企业真实的资产面貌，成为改制运作一项重要的任务。
第三， 员工身份转换问题。长期以来，国有企业采取的是低工资高福利政策，企业对员工实际承担了无限责任。员工进入国有企业，成为国有企业职工就意味着终身保障，生老病死、子女问题等都由企业负担和解决，从而导致国有企业职工身份成为改制时“不是问题的问题”。如何通过一定的经济补偿，转换国有企业职工身份，使改制后的企业对员工由无限责任变为有限责任，并建立责权利相统一的新型劳动关系是改制中关系到国有企业员工切身利益的重大问题。如果员工身份转换问题解决不好或处理不当，将影响整个改制工作的平稳顺利推进。
第四， 社会职能剥离问题。国有企业改制的核心目标是使企业产权成为不依附任何非产权内容的纯粹的经济产权，因此国有企业的社会职能必须剥离。国有企业社会职能剥离主要有两条途径：一是将企业的社会职能移交社会;二是将社会职能社会化，通过改革、改制和改组，由非经营或非赢利变为经营性赢利组织。不论采取何种方式，企业的社会职能一定要剥离出去。
此外，国有企业改制中还有退休金、医疗保险、退休人员社会移交、福利历史欠帐和冗员等诸多问题。所有问题的处理和解决都必须在国家改制政策的指导下，依据企业自身的具体情况创造性的提出方案和办法。
