乡镇企业作为集体企业，具有集体企业共同存在的决策问题，即由于信息、决策和承担风险能力三者分离引起的决策效率问题。
在乡镇企业发展初期，乡镇政府代理企业产权的制度安排是有效率的。当时处于短缺经济年代，供给创造需求，企业的营销管理并不重要，争取项目和贷款投资是企业经营活动的主要内容，也是乡镇企业生存发展的关键所在。乡镇政府在这些活动中起到了无可替代的作用，对乡镇企业的发展做出了重大贡献。但是，随着改革开放的深入进行，市场竞争日益激烈，乡镇企业原来享有的政策租金逐渐丧失(谭秋成，1999)，企业决策难度大大增加。可是，乡镇企业的产权结构及其与之相应的决策机制严重限制了它的决策能力。
乡镇企业的产权结构要求政府继续行使所有者的权利，除了剩余索取权，主要是企业的战略决策权和投资权。但是，乡镇政府在新的市场经济体系中，在企业运行、经营活动中所处的地位已不再适应新的决策要求。主要是信息问题。企业决策高度依赖其拥有的信息。这些信息包括关于外部环境、竞争对手、相关市场、技术和产品市场未来趋势等的信息。这些信息只有在经营活动中才能获得。由于乡镇政府处于直接经营活动之外，不仅不能拥有各种特殊的信息渠道，也不拥有识别信号和加工处理信息的优势，因而难以面对激烈竞争的市场作出优化决策。
乡镇企业中实际从事着经营决策活动，从而拥有信息优势的是经营者，可是他们并不拥有企业资产的所有权，缺乏为自己的决策负全部责任的能力。他们的决策行为属于代理行为。他们对重大决策只有提议权，没有决策权。可是由于缺乏信息等缘故，即使对厂长经理提出的议案，乡镇政府也难以做出决断。因此，那些可能经过深思熟虑的建议往往束之高阁，迟迟不决，本该利用的商机也白白丧失。这是导致乡镇企业改制前几年效益相对下降的主要原因，也是这次改制的根本的或深层的原因。一些地区政府在改制后企业中以优先股方式持股的做法，就从侧面说明政府部门认识到自己在经营决策中不占优势，宁愿退出决策过程的事实。
在这次改制以前，乡镇企业已经经历过若干次改革，但是由于所有权没有根本变化，决策问题仍未有效解决。承包制只是解决了短期经营的动力和决策问题，但是无助于长期投资和企业发展问题。股份合作制也未能给企业提供合理有效的决策机制，信息结构、决策结构和动力结构三者分离的局面依然存在。激烈的市场竞争客观上要求企业具有经济理性，对市场信息能作出敏锐、适当反映。这就要求决策行为主体同时具有充足的动力、信息和承担决策后果的能力，也就是要求企业经营权与所有权合一。因此可以说，这次改制是市场经济深入发展的必然要求，是适应市场经济要求的较为彻底的改革。
这次改制的最主要动因也可以理解为是由经营权交易的困难即监督问题。
在乡镇企业创建之初，乡镇企业经营者的地位是由乡镇政府和社区成员共同认定的方式获得的。由于乡镇企业的地区性质和人员的非流动性，经营人员与乡镇政府以及社区成员之间的行为关系具有重复性、稳定性及收益长期性的特征(陈剑波，2000)，即重复博弈的特征。他们之间的交易与完全在陌生人之间发生的交易和由第三方规制的交易不同，是存在延留义务的交易。经营者努力工作，但并不期待立等可取的等额回报。他所获得的回报可能是在数年、十数年之后，也可能是在他需要的时候，以他需要的方式(自己或家人治病，后代读书、就业等)获得。由于企业的地区性和人员的非流动性，经营者也具有某种质押性。如果他给企业造成重大损失，他损失的不只是个人货币收入，其家庭长期以来积累的信誉也会毁于一旦。交易双方或三方之间就是存在这样一种由传统习俗形成的隐含合约。这种隐含合约是一种与转型期或乡镇企业创建初期相适应的激励和约束机制。可是随着市场经济的发展，在大多数企业中，这种隐含契约已不再起作用。目前只在少数企业中仍然实行着这种隐含契约。这些企业有条件改制，但是由于政府与经营者之间仍然保持着合作关系，经营效益尚可，缺乏改制动力，至今尚未改制。
市场经济体制建立以后，经营内容日益复杂，企业经营更大程度上依赖企业家的作用。企业家个人的贡献和价值也逐渐受到承认。乡镇企业经营者在多年实践中积累了市场知识、行业经验，也建立了网络体系、个人威信和人力资本，价值观念也由于市场经济的冲击而更新。企业成长壮大过程中，经营者自然希望兑现自己的人力资本价值，原有低水平回报的激励作用已不再显著。他们已不再满足于生存需要，资本积累和扩张的动机也开始产生，因此欲以多种方式扩张自己的产权边界。产权理论研究成果已经证明，产权的名义配置与实际配置是不同的(巴泽尔，1997)。从乡镇企业产权的名义配置看，乡镇政府是其唯一所有者，经营者名义上不拥有产权，但是政府并不实际掌握企业的经营活动。名义上为乡镇政府所有的企业财产实际上由于无法完全排除他人的控制、利用而被置于公共领域。产权实际上常常是在交易过程中界定的。乡镇政府——企业所有者与经营者之间的交易，即双方权力、责任及收益的确定几乎每周每月都要发生。在这种交易过程中，很难确定哪些是经营者应该获得的，哪些是攫取了公共剩余。政府不可能也没有精力每每对其进行 测定、观察。经营者由于占有信息和实际操作上的各种优势，可以用多种方式通过攫取公共领域价值来扩张自己的产权边界。
产权理论的研究表明，产权的边界取决于个人努力、他人夺取和政府(第三方)维护这样三个变量，而其中个人是最积极的力量，个人天然比政府具有比较优势(巴泽尔，1997)。因此，要让乡镇政府来监督和限制经营者对企业的控制，防范过度攫取，即使不是不可能，也是代价高昂的。随着乡镇企业数量的逐渐增加，政府部门要同时监督更多企业，监督工作的边际成本出现递增。而且，随着原来熟悉企业的政府官员不断更换，政企合作博弈关系赖以维系的感情纽带也随之消失，监督的难度加大了。乡镇企业效益下降及其相关现象给乡镇政府带来难以摆脱的烦恼，这就进一步促使乡镇政府决定改制
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