资产重组过程中所蕴含的风险问题，也越来越为包括政府管理层在内的市场参与主体所认识。因此，如何有效把握资产重组中的风险，合理有效地对其进行管理和防范，积极发挥资产重组的功能已成为现阶段企业资产重组健康发展的重要课题。
资产重组的风险是指在资产重组过程中所存在的某些不确定因素对资产重组的预期目标所带来损失的可能性。在市场发展过程中各种不确定因素的作用力是不相等的，就目前而言，资产重组中出现的风险大致可分为以下几个方面：政策风险、筹资风险、运作风险等。
(1)政策风险。政策是一国当局治理和管理社会经济的法律、 法规等规范措施的总和，政策对社会经济的作用集中表现在它对微观主体行为有强制的约束力。由于国家整体利益和微观主体个别利益的固有矛盾存在，政策风险也因此产生了。
资产重组中政策风险管理是对企业在进行资产重组过程中可能产生由政策因素引起的风险，采取防范措施，以及在风险发生后采取弥补措施的科学管理方法。政策风险管理是现代企业资产流动，产权重组的主要方面，也是企业管理与决策的重要内容。企业在资产重组中由于和国家政策发生冲突而造成损失，虽然人们往往采取一般的经验方法去加以预防，但实际上一旦风险产生，常常是企业承受不了所遭受的损失。先进有效的风险管理能使企业以最经济的方式，处理各种可能出现的意外损失。
政策风险的防范主要取决于市场参与者对国家宏观政策的理解和把握，取决于投资者对于市场趋势的正确判断。但对政策风险进行防范的特殊性，其主要防范对象是政府管理当局。政府管理当局应看到政策调控的失当会引起市场风险，以及政策风险对市场经济发展、合理的资产重组的障碍作用。因此在制定和运用政策时应该慎之又慎。
(2)筹资风险。随着社会主义市场经济的迅速发展， 越来越多的企业实现了自主经营。国家以资产保值增值为纽带，对企业实行宏观调整，而对企业的资金活动不再干涉。企业在享有充分筹资自主权的同时，也相应担负起筹资风险。资金来源的不确定性、筹资渠道的多样性、筹资成本的高增长性、外汇汇率的变动性等都会增大筹资风险。
正确地揭示筹资风险，科学地测算筹资风险度量指标，接着就是合理地避免和减少筹资风险，以最大限度地为企业谋取经济利益。虽然规避筹资风险的方法和途径有多种多样，但就筹资资本本身来说，最重要的一条就是采用最优的资金结构。所谓最优的资金结构，是指企业综合资金成本率最低，自有资金收益率最高的资金结构，这也是筹资风险最小的资金结构。
(3)运作风险。资产重组是一项很复杂的企业行为活动， 涉及面广、头绪多，在运作过程中会遇到重重困难，其中有些困难是完全出乎人们意料的。这些困难对资产重组工作会造成很大的障碍，加大重组工作的难度及不确定性，运作风险就是指在实施资产重组工作前后因遇到的各种困难而使重组工作结果偏离预期值，包括决策风险和运作过程中的风险。一方面要求企业自我评估和对被重组资产的评估非常精确，减少决策风险;另一方面，对资产重组的各个阶段如公关、谈判、签订合同、成交后付款及收购后整合等都要作细致分析，对可能发生的风险要早有准备，尽可能将风险降低到最低程度。
