资产重组的关联交易对尽快提高上市公司资产质量和经营业绩具有重要意义，但同时我们也应关注其给证券市场带来的不利影响。如大量存在非规范的关联方资产重组会扭曲资本市场资源配置功能并误导投资者、通过资产重组的关联交易进行利润操纵、大股东通过它损害其它股东的经济利益或造成国有资产的流失等。
(一)大量非规范关联方资产重组的存在，会扭曲资本市场资源配置的功能并误导投资者
资本市场最基本的功能是资源的优化配置功能，即通过上市将社会资源向那些业绩优良，有发展前景的公司集中，从而提高资源的利用效率。但是非规范关联方资产重组的存在，使那些没有多大发展前途公司的经营业绩能够一下子提升，给人造成一种繁荣假象，投资者将资金向这些公司集中，会产生“劣币驱逐良币”的后果，导致资源利用效率的低下。同时，此类上市公司股价往往处于高位，易形成巨大泡沫，危害证券市场的稳定和发展。另外，由于关联交易操作而导致股价上涨，容易误导投资者，使其形成一种越投资绩差股越赚钱的错误理念，也不利于我国资本市场的健康发展。
(二)关联交易的资产重组成为大股东谋求超额收益的手段
我国资本市场建立之初就是为国有企业脱贫服务的，把融资放在第一位，而把优化资源配置放在第二位，而且在上市公司股权结构安排上，基本上是第一大股东处于绝对控股地位，使本属于公司最高权力机构的股东大会形同虚设，成为一个表决机器。因此，在资产重组的关联交易中，大股东出于对自身利益的考虑，会无视中小股东的利益。由于我国证券市场管理体系尚不完善，作为控股股东的大股东往往通过关联交易，甚至以“黄金换垃圾”的方式将自己的优质资产廉价换取昂贵的劣质资产，使上市公司迅速提高经营业绩，取得配股资格，从投资者手中圈钱;然后，通过上市公司收购其拥有的所谓“优质”资产，在资本市场中套取现金，从而在反复的资产置换和关联交易中取得非法超额收益，严重侵害了中小股东的权益。
(三)缺乏对关联方资产重组的监管机制，从而损害了国家和中小股东的利益
由于我国目前国有资产管理体制尚未理顺，上市公司中国有股权代表缺位，且缺乏应有的监督机制，在日常的企业运作过程中，国家将国有资产(股本)交给一部分人来管理，他们在代表国有股权进行投票时，可能存在“道德风险”和“逆向选择”行为。这部分人的利益与国家利益以及股东利益常常不完全一致，当出现矛盾时，利益分配很容易倾向于一小部分人，尤其是当具有国有性质的大股东参与、且这个大股东控制了该公司的经营决策权时，他就有可能既损害国家股东的利益，又损害小股东利益，从而出现内部人控制现象。内部人控制很容易通过关联交易操纵交易价格，或将利润转移等，以实现自身利益最大化。
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