公司法虽然确定了以股东名册作为认定股东资格的判断标准，但这并未解决审判实务中所面临的具体问题。股东名册虽然是公司法明确要求公司必须置备的公司法律文件，但是很多公司事实上并未置备股东名册，即便置备股东名册，因公司法对股东名册的产生、保管、变更并无严格的形式要件要求，使得股东名册无法起到在公司内部证明股东资格的作用，在大股东控制公司的情况下，股东名册的记载更加成为各方当事人所争议的问题。这样，股东名册在审判实践中丧失了作为股东资格认定的唯一证明作用。
在审判实践中，判断股东资格需要考虑以下因素：(1)是否与其他股东存在共同投资设立公司的意思表示，(2)该意思表示是否得到了其他股东的同意，(3)是否依照约定实际履行了出资义务，(4)公司是否承认其向公司所支付的资金、交付的财产的性质为出资，(5)公司登记文件和章程的记载，(6)股东名册的记载，(7)当事人在公司运营过程中是否实际行使了股东权。
当然，股东资格认定并无统一的标准，确认股东资格应当综合考虑多种因素，在具体案例中，按照争议当事人的身份、对抗的相对人、当事人具体实施民事行为的真实意思表示，选择确认股东资格适用的标准：
(1)在不涉及外部善意当事人利益的情形下，首先根据证据判断出主张确认股东资格的当事人是否存在投资于公司的意思表示与投资行为。可能用于判断的证据会包括当事人向公司投入财产的证据，以及这些证据所反映出的投入者的意思表示。如当事人将资金打入公司帐户时相关银行凭证“投资款”等内容的记载，当事人在自己的财务资料上对投入款项在相关记帐凭证的记载，当事人从公司获得的相关证据上的资金用途记载等。
(2)在当事人存在向公司投资的意思表示与投资行为，但公司并未在公司登记文件、公司章程和股东名册作相关记载的情况下，根据证据判断公司和公司的其他股东对当事人股东 身份的认知。我们认为，在当事人仅持有出资证明的情况下，并不足以证明其股东身份，必须结合其他证据判断公司和公司的其他股东对其股东身份在实质上是否认可。这些证据可能包括当事人以股东身份实际参与公司经营、或者实际行使股东权利的证据，公司财务帐册对该笔款项财务课目的记载，公司其他股东是否认可的证据等。
(3)被记载于公司登记文件、章程和股东名册的当事人应推定为具备股东资格，其是否实际履行了出资义务不影响股东身份的认定，而应按照瑕疵出资对待，除非该当事人被冒名登记。当工商登记与出资证明书、股东名册记载出现矛盾时，我们认为，股东资格取决于公司章程和股东名册的记载，更重要的是工商行政管理部门注册登记的确认。这些文件虽然不能直接证明该股东已履行出资义务，但却是证明其股东资格的直接证据。若否认违反出资义务的股东的资格，也就否认了其与公司之间的法律关系，对其出资责任的追究也就失去了依据。因此，违反出资义务的股东仍然享有作为股东的权利，只是其只能就其出资的部分主张权利，对未出资的部分，即使补足了出资，也只能对此后的公司经营行使股东权利。
(4)以他人名义出资的当事人，如果其与受托人之间存在明确的委托或者信托合同，按照合同法规则处理。如果无法证明其与名义股东之间存在合同关系，或者即便存在相关合同关系、但公司及股东以股东身份对待该当事人、该当事人以股东身份行使权利的，则可认定其股东身份。
(5)如果认定当事人的股东身份将导致强制性规范的违反，则不能认定其股东资格。如国家公务人员不能成为公司股东。
