一是民营经济在整体壮大的同时存在着分化严重、发展不均衡等问题。
民营经济的区域分布极不均衡，中西部地区严重滞后于东部的发展。以规模以上私营工业企业为例，2009年，中西部私营企业无论是数量、产值、资产还是就业人数，都不足东部地区的一半。在2010年中国民营企业500强中，浙江180家排在第一，江苏129家位列第二，两省超过6成，其后是山东、上海和广东，而西部地区只有38家。民营企业规模明显小于国有和外资企业，影响了民营企业个体的竞争力。2009年中国移动净利1458亿元，中国石油净利1033亿元，两者相加已经超过2010年民营企业500强的净利润总和(2179.5亿元)。规模以上私营工业企业的平均资产、产值以及主营业务收入不足国有企业的5%，外资企业的37%，固定资产净值不足国有企业的2%，外资企业的27%。实际上，截止2010年9月，全部私营企业的户均注册资金只有217万元。民营经济整体素质还不高，且分化严重。尽管存在联想、华为等能够冲进全球500强具有国际竞争力的民营企业，但更多的是为数众多的中小型企业。这些企业规模小、生产技术相对落后，产品附加值低、竞争力差。而且往往集中分布于东南沿海地区，以依附于大型企业的块状经济为主要特征，尚未形成产业集群，更没有自己的品牌以及核心竞争力，独立发展能力较差，一旦大型企业业务受阻，这些民营企业往往面临着停产倒闭的危险。在管理模式上，大量中小型民营企业仍以家族式管理为主，存在治理问题。在企业发展初期，企业规模较小，生产单一，家族式管理比较有效率。但随着企业成长变大，这种落后的管理将影响民营企业的长远发展。此外，大量中小民营企业缺乏品牌意识，不注重产品创新，缺乏企业经营特色，这些也都不利于民营经济的长远发展。
尽管“非公经济36条”颁布以来相关的政策措施逐步完善，原有垄断行业(除关系经济安全的行业外)大都在理论上已向民营经济开放，但到目前为止还很难落到实处，很多领域依然存在一道看不见的“玻璃门”阻挡着民营企业进入。例如，民营企业就很难进入石油领域。2005年，商务部发布《成品油批发企业管理技术规范》、《成品油仓储企业管理技术规范》两个征求意见稿，规定申请设立成品油批发企业的申请主体注册资本应不低于1000万元，要有两年以上的成品油零售业务，且须拥有30座以上自有或控股加油站。另外，天然气开采的具体准入政策要求注册资本不低于40亿元。对于民营企业来讲，不可能在短期内具备这样的准入条件。中国民(私)营经济研究会会长保育钧指出：从私营经济发展的整个历史进程看，“非公经济36条”堪称一份划时代的文件。但是让人失望的是，直到目前，“非公经济36条”落实很难，也可以说基本没有落实，原因是碰到了既得利益集团的强大阻力，许多业内人士抨击的“玻璃门现象”(看得见进不去)并没有实质性的改变。全国工商联关于“非公经济36条”落实情况的问卷调查显示，非公有制经济进入面临最大障碍的五个行业分别是电力、电信、石油、金融服务业和公用事业，而障碍主要来自技术、资金以及从业经验要求等。
“玻璃门”现象的存在主要有两个原因：既得利益集团的阻碍和思想束缚。现有的垄断行业是历史形成的，利益格局已经相对稳定，且有不断固化的趋势，而要打破原有的体制性障碍，就必然会导致利益格局的重新划分，触及既得利益者的利益，必然会引起既得利益者阻碍。重新调整利益格局，使民营企业真正获得平等地位，不可能在朝夕之间完成。从思想上讲，公有经济、国有企业在国民经济中应该保留何种地位，发挥怎样的作用，一直以来就备受争议，非公有制经济能否进入国民经济的一些重要领域和高盈利部门，争议不断。
中国的商业环境变化在不断改善中，但据世界银行2011年报告的评估，在中国开办企业的难度还相当大。在183个被评估国家中，中国排在151位，比2010年下降了两位。与发达国家相比，中国在开办程序、开办时间、开办所需费用支出以及最低注册资本四个方面还有很大差距，即使与“金砖四国”相比也不乐观，在开办程序和时间上仅排在巴西之前，而在费用支出和最低注册资本上则只排在印度之前。由此可见，中国的行政体制还有待进一步改革，以提高效率，为企业投资创造更为优质的环境。
三是在资源配置上还存在不公正待遇，特别是广大中小民营企业面临融资渠道少，门槛高的限制。
中小企业融资难是各国面临的一个普遍问题，这一问题在中国尤为严重。原因不在于中国的中小企业比国外中小企业的资产更少、信用更低，而在于传统的金融体制对于中小企业长期重视不足，在于政府对中小企业融资支持力度不够，金融机构，特别是能够贷款给中小企业的金融机构明显发育不足。民营经济所获得贷款虽然在“十一五”期间呈现逐渐上升的趋势，但总体比重仍然很低。2007年个体私营企业在非国有经济贷款总额中不足四分之一，2009年个体私营经济短期贷款还不足全部短期贷款的1/10。这种融资比重与民营企业所发挥的作用极不匹配。另外，在中小金融机构的贷款中，民营经济贷款仅略高于中小金融机构贷款总额的1/4。而在美国，资产规模小于1亿美元的银行，96.7%的贷款给了中小企业，资产在规模在1-3亿美元的银行，其85%的贷款给了中小企业，资产规模在3-10亿美元的银行，其63.2%的贷款给了中小企业，而资产规模在10-50亿美元的银行，37.8%的贷款是给了中小企业的，大于500亿美元的银行，中小企业贷款占16.9%。相比之下，中国民营中小企业的发展缺乏金融制度的支撑。
“玻璃门”现象的存在主要有两个原因：既得利益集团的阻碍和思想束缚。现有的垄断行业是历史形成的，利益格局已经相对稳定，且有不断固化的趋势，而要打破原有的体制性障碍，就必然会导致利益格局的重新划分，触及既得利益者的利益，必然会引起既得利益者阻碍。重新调整利益格局，使民营企业真正获得平等地位，不可能在朝夕之间完成。从思想上讲，公有经济、国有企业在国民经济中应该保留何种地位，发挥怎样的作用，一直以来就备受争议，非公有制经济能否进入国民经济的一些重要领域和高盈利部门，争议不断。
中国的商业环境变化在不断改善中，但据世界银行2011年报告的评估，在中国开办企业的难度还相当大。在183个被评估国家中，中国排在151位，比2010年下降了两位。与发达国家相比，中国在开办程序、开办时间、开办所需费用支出以及最低注册资本四个方面还有很大差距，即使与“金砖四国”相比也不乐观，在开办程序和时间上仅排在巴西之前，而在费用支出和最低注册资本上则只排在印度之前。由此可见，中国的行政体制还有待进一步改革，以提高效率，为企业投资创造更为优质的环境。
三是在资源配置上还存在不公正待遇，特别是广大中小民营企业面临融资渠道少，门槛高的限制。
中小企业融资难是各国面临的一个普遍问题，这一问题在中国尤为严重。原因不在于中国的中小企业比国外中小企业的资产更少、信用更低，而在于传统的金融体制对于中小企业长期重视不足，在于政府对中小企业融资支持力度不够，金融机构，特别是能够贷款给中小企业的金融机构明显发育不足。民营经济所获得贷款虽然在“十一五”期间呈现逐渐上升的趋势，但总体比重仍然很低。2007年个体私营企业在非国有经济贷款总额中不足四分之一，2009年个体私营经济短期贷款还不足全部短期贷款的1/10。这种融资比重与民营企业所发挥的作用极不匹配。另外，在中小金融机构的贷款中，民营经济贷款仅略高于中小金融机构贷款总额的1/4。而在美国，资产规模小于1亿美元的银行，96.7%的贷款给了中小企业，资产在规模在1-3亿美元的银行，其85%的贷款给了中小企业，资产规模在3-10亿美元的银行，其63.2%的贷款给了中小企业，而资产规模在10-50亿美元的银行，37.8%的贷款是给了中小企业的，大于500亿美元的银行，中小企业贷款占16.9%。相比之下，中国民营中小企业的发展缺乏金融制度的支撑。
