1、关于第20条的公司法人人格否认制度，现行公司法对在什么具体情况下适用此规定没有予以明确，从理论上讲，主要应该包括三个方面：股东和公司之间出现业务混同、组织机构混同、财务和资产混同等。因此，此条法律的具体适用还需要通过司法解释给予细化，如列举法人人格滥用行为的若干具体情形等。这样，有关主体就能比照着提起权益保护诉讼，对于人民法院的立案、审理工作也大有裨益。
2、如前所述，新公司法允许设立一人有限责任公司，一人公司的特征之一是两权即所有权和经营权的不分离性，由此可能造成对债权人保护不周的现象，如股东拿公司财产任意给自己设置担保等。再者，相对于二人以上股东成立的公司实体，一人公司的股东的权力相当之大，应当建立内外相结合的监督机制以约束单一股东的权力。新公司法在这一方面缺乏相应的规定，应当予以完善。
另外，一人公司的股东在实际经营中难免会因种种原因需要转让自己的全部或部分股权。在该种情形下，公司创设股东转让股权的行为是否有效呢？对此，新法未作规定。
3、新公司法第27条，对股东出资形式作了一个开放性的规定：“股东可以用货币出资，也可以用实物、知识产权、土地使用权等可以用货币估价并可以依法转让的非货币财产作价出资；但是，法律、行政法规规定不得作为出资的财产除外。” 很明显，作这样规定的立法目的是为了鼓励投资，但是可能出现的问题是：在债权作为出资方式时，如果债权是难以实现的，那么该如何保护公司的善意第三人的利益？这一点，值得我们去思考和探索。
4、新公司法第28条及31条规定了股东出资不足的责任，但都只规定了股东间内部责任，而无由出资不足的股东对外承担责任的规定，故该法对保护善意第三人利益的这个问题仍然悬而未决。
5、新旧公司法“法律责任”部分中规定的均只是规定了违反公司法的公司或股东的行政责任以及刑事责任，而没有对违法者相对于公司债权人等善意第三人的民事责任作出规定，这不能不说是公司立法上的一大缺憾。因为公司或股东违反公司法的行为，不仅仅是破坏了国家对市场经济的管理秩序，更可能会损害善意第三人的合法利益。
6、新公司法第42条对召开股东会议的通知日期有明确规定，但在司法实践中，如何认定在不足15日通知期的情况下作出的决议的效力仍不明朗。假设参加股东会会议的股东当时没提异议，后来又因为实体决定不合其意，又以通知日期不满15日为由而主张会议通过的决议无效，法院应当如何裁判有待探讨。
7、根据公司法第75条的规定，有限责任公司在特定条件下可以回购异议股东的股权，但该条相对于公司法第143条股份公司回购股权的规定，在立法上缺少了对有限公司回购股权的处理规定即没有对回购的有限公司股权如何处理作出规定。试问如果有限公司长期地持有自己的股权而不转让或注销，是否违反了资本不变这一原则？
8、新旧公司法均对股份公司的发起人、董事、监事及经理等特定持有人转让股份作了限制性规定。但令人遗憾的是，新旧公司法都未对上列人员转让其所持股份的法律后果进行明确，认定转让无效还是怎样？如果转让的是上市公司的股份，又该如何来认定？这或许是公司法修订中的疏漏之处，仍有待完善。
9、根据新公司法第15天、第16条的规定，公司可以向其他企业投资，对外投资的总额由公司章程确定。然而，在公司章程对对外转投资数额有限制的情况下，公司对外投资超过了公司章程限制的比例，超过部分的效力如何确定呢？新公司法未作相应的规定。究竟这种情况下是有效还是无效，肯定在司法界会有一个大的争论。因为，如若认定有效，则说明新公司法有关“不得超过规定的限额”的规定等于形同虚设；如若认定无效，则不利于保护交易的安全以及善意第三人的合法权益。
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