值得关注的是，较之1993年《公司法》，新《公司法》中“依公司章程规定”的条款显著增多，赋予公司章程的自治空间加大。从《公司法》与公司章程的关系来看，公司章程不得包含与法律强制性规定相抵触、相矛盾或者不一致的条款，除此之外是公司章程自由的空间。当然新法为了避免股东或其他当事人之间产生矛盾或冲突由于公司章程中没有相关规定,导致在解决时陷入僵局或困境，也规定了一些允许公司章程优先于该等规定适用的条款，这些条款仅在公司章程中未做出明确规定时发挥效力。
股份有限公司的章程可规定不按照持股比例分配利润。较之有限责任公司，股份有限公司的自治性体现得并不是很明显，这是因为有限责任公司以“人合”性为主要特征，强调自治；而股份有限公司则更多地体现为“资合”性，强调规则。因此，股份有限公司章程中强制性的规定较多。在利润分配方面，原《公司法》规定“股份有限公司按照股东持有的股份比例分配”，严格要求股东按其所持股份比例获得利润分配，但新《公司法》则规定“股份有限公司按照股东持有的股份比例分配，但股份有限公司章程规定不按持股比例分配的除外”。这意味着股份有限公司的利润分配也可以优先适用公司自治的原则。
可约定有限责任公司股东表决权行使的方式。实践中，有限责任公司的两个股东各持50%股权，但公司章程中若规定股东会表决需要过半数同意方可通过的情况下，很容易出现由于股东之间意见不一致使决议迟迟无法作出的现象。这些问题可以通过在章程中规定“股东不按持股比例行使表决权，由一方持有较多表决权”或“股东会普通决议需半数以上(含半数)表决权通过”来解决。当然，在公司章程对股东行使表决权的方式没有明确规定时，应依照《公司法》的规定按照出资比例行使表决权。
可规定有限责任公司股权的转让办法。有限责任公司由于其“人合”性特征，因此其股权转让与其他股东的意见亦有很大关系。原《公司法》规定“股东之间可以相互转让其全部出资或者部分出资。股东向股东以外的人转让其出资时，必须经全体股东过半数同意;不同意转让的股东应当购买该转让的出资，如果不购买该转让的出资，视为同意转让。经股东同意转让的出资，在同等条件下，其他股东对该出资有优先购买权。”新法在对这些规定进行保留并完善的基础上，另外增加了一款“公司章程对股权转让另有规定的，从其规定”。这意味着有限责任公司可以在章程中对股权转让做出另行规定，排除《公司法》的适用，从而赋予了公司章程高度的自治权。
除此以外，这种公司章程的规定优先于新《公司法》相应条款予以适用的情形，还包括关于股东会议召开通知时间的规定以及关于股东死亡后股东资格的继承规定等。
