从我国目前的鉴定体制来看，医疗纠纷的鉴定主要有两种方式:一是医学会鉴定专家组进行的医疗事故技术鉴定;二是司法鉴定部门进行的医疗过错和因果关系鉴定，即司法鉴定。二者在启动程序、鉴定人员的组成、鉴定方法、鉴定内容等方面有着诸多不同之处，这势必造成两种鉴定结论在司法诉讼中的不同采信率。
第一，二者的启动程序不同。司法鉴定一般是司法机关应当事人的申请或基于办案需要而委托由国家认可的、合法的司法鉴定机构启动，而医疗事故技术鉴定由双方当事人共同委托和卫生行政部门委托、法院委托三种方式启动。如果仅是当事人一方提起医疗事故技术鉴定，医学会是不会受理的。而根据最高人民法院发布的《关于参照<医疗事故处理条例>处理医疗事故民事纠纷的通知》，当法院决定交由医学会鉴定时，医疗事故技术鉴定就变成为司法鉴定。
第二，二者的鉴定主体不同。医疗事故技术鉴定的鉴定人是医学会，属于非自然人，是通过省、市两级医学会分别组建辖区范围内的医学专家库，由双方当事人以随机抽取的方式从专家库中选择鉴定专家组成鉴定组，鉴定人员须是医学专家。而司法鉴定的鉴定人是法医，从形式上看司法鉴定属于一种司法行为，但实质上讲具有自然人性质，因为法医是自然人。
第三，二者的鉴定方法不同。医疗事故技术鉴定是根据医学的基本原理和临床医疗的实践经验，依照医疗事故技术鉴定的法律规范，就诊疗活动中医务人员的行为与患者损害结果之间的相互关系及医务人员的行为有无过错进行研究分析的一种综合思维判断活动。而司法鉴定是根据法医学，利用医学的理论技术和法律知识，从司法性的技术层面解决伤残等级、致伤致死等原因的活动。
第四，二者的鉴定程序不同。医疗事故技术鉴定结论在鉴定程序上采取“少数服从多数”的原则，而司法鉴定是由承担鉴定任务的法医个人凭借其专业技术优势对与案件有关的事实进行的一种鉴定，鉴定结论的作出无需采用“少数服从多数”的原则，具有一种独断性。
第五，二者的鉴定内容不同。司法鉴定着重解决医疗行为是否具有过错、过错的医疗行为与损害后果之间是否具有因果关系的问题，但是无权鉴定医疗行为的违法性和过错性。而医疗事故技术鉴定实质上是医疗行为过错鉴定、医疗行为违法鉴定，其结论包含了司法鉴定中的特定内容。
从上述比较可以看出，二者虽然均可以对医疗事故进行鉴定，但是在本质上有着不同，司法鉴定不可能涵盖医疗事故技术鉴定的范畴，不可能取代医疗事故技术鉴定。
