1.形态学和生理生化特性
形态学：个体形态特征主要观察细胞外形、大小和排列方式等， 在细菌细胞构造方面，可观察有无运动性，鞭毛着生的部位及数目，在染色反应上，应进行革兰染色和抗酸性染色，说明是阳性还是阴性反应。在菌落形态上，是观察微生物在琼脂平板上培养后生成菌落的特征。
生理生化：生理生化的不同本质上是酶和蛋白质的不同，间接反映了微生物基因组的不同，如营养类型分析是判断微生物是属于光能自养、光能异养型等。
不同的微生物因生理特性的不同，而产生不同的代谢产物，通过检查代谢产物可以鉴定菌种。不同微生物所需要的温度范围不同，鉴定微生物就要查明它们生长的最适、最低和最高温度
2.血清学试验和噬菌体分型
血清学反应就是用已知菌种制成抗血清，用它鉴定对象发生特异性血清反应鉴定未知菌种或菌株的微小差异
3.细胞壁成分分析：如在放线菌分类中，已广泛应用细胞壁成分的分析作为分类的依据。如白乐杰诺卡菌 经细胞壁成分分析 白乐杰诺卡菌中 含有作为链霉菌属特征的丙氨酸、谷氨酸、甘氨酸和L-2，6-二氨基庚二酸，从而证实了白乐杰诺卡菌中的三株菌确属于链霉菌属。
4.气相色谱鉴定：每种物质的化学结构都有特定的红外吸收光谱，若两个样品的吸收光谱完全相同，可以初步认为它们是同一种物质， 这种技术先后对芽胞杆菌、乳酸杆菌、大肠杆菌和酵母菌 放线菌等进行分类，其优点是简单快速，用少量的样品。
5.核酸分析和分子杂交：DNA特征作为分类依据有GC含量测定、核酸杂交技术和序列分析等
GC百分比值用于微生物鉴定时要与其他分类方法结合使用
G+C百分比值相同的微生物可能属于完全不同的两个种。 如果两条DNA的碱基对排列序列完全互补，那么它们就可以生成完整的杂交双链，即杂交率为100%;如果双链只有部分互补，那么它们的杂交率就低于100%，也就是在杂交双链中含有部分不配对的单链。杂交率越高，表明它们之间的亲缘关系越接近。
核酸序列分析主要比较23S、16S 和5S rRNA的序列同源性，尤其是16S rRNA 的序列特别重要，因为这是原核生物中比较保守的寡聚核甘酸，其同源性大小可决定亲缘关系的远近。
6.数值分类法：又称统计分类法，是借助计算机技术发展起来的，它与别的传统分类法如下
①传统法采用的分类特征有主次之分。而数值法根据“等重要原则”，不分主次，通过计算菌株间的总相似值来分群归类。
②传统法根据少数几个特征，采用双歧法整理实验结果，排列出一个个分类群。而数值法采用的特征较多，一是50~60个，多的则达到100个特征以上，进行菌株间两两比较，数据处理量较大，需借助于计算机才能实现。
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