司法鉴定合法性原则，是指司法鉴定活动必须严格遵守国家法律、法规的规定。它是评断鉴定过程与结果是否合法和鉴定结论是否具备证据效力的前提。这一原则在立法和鉴定过程中主要体现为：鉴定主体合法;鉴定材料合法;鉴定程序合法;鉴定步骤、方法、标准合法;鉴定结果合法五个方面。
1、司法鉴定机构必须是按法律、法规、部门规章规定，经过省级以上司法机关审批，取得司法鉴定实施权的法定鉴定机构，或按规定程序委托的特定鉴定机构。司法鉴定人必须是具备规定的条件，获得司法鉴定人职业资格的执业许可证的自然人。
2、司法鉴定材料主要是指鉴定对象及其作为被比较的样本（样品）。鉴定对象必须是法律规定的案件中的专门性问题，法律未作规定的专门性问题不能作为司法鉴定对象。如我国现阶段对司法心理测定（俗称测谎）、气味鉴别（警犬鉴定）等尚未作为法定鉴定对象，其鉴定结论不能作为证据。而且鉴定材料的来源（含提取、保存、运送、监督等）必须符合相关法律规定的要求。
3、鉴定程序合法性，包括司法鉴定的提请、决定与委托、受理、实施、补充鉴定、重新鉴定、专家共同鉴定等各个环节上必须符合诉讼法和其他相关法律法规和部门规章的规定。
4、鉴定的步骤、方法应当是经过法律确认的、有效的，鉴定标准要符合国家法定标准或部门（行业）标准。
5、鉴定结果的合法性，主要表现为司法鉴定文书的合法性。鉴定文书必须具备法律规定的文书格式和必备的各项内容，鉴定结论必须符合证据要求和法律规范。
司法鉴定活动坚持独立性原则，是由于科学技术自身的特殊性和鉴定结论的证据要求所决定的。从本质上讲，司法鉴定活动是鉴定人提供证据材料的活动，这种活动必须独立进行，才能有利于鉴定结论的客观性、科学性、真实性、公正性。鉴定活动的独立性是鉴定结论客观性和公证性的保证。 司法鉴定活动的独立性原则主要体现在五个方面：
1、司法鉴定机构要相对独立，社会鉴定机构必须是独立的法人组织，侦查机关内设的鉴定机构应当与侦查业务部门分离;鉴定人的活动，包括鉴定方案的制订、鉴定的实施、鉴定结论的出具、鉴定人出庭质证等必须独立进行，司法机关和鉴定机构负责人不得暗示或干预;
2、 鉴定人必须在鉴定机构执业，鉴定机构对鉴定实施日常管理，对鉴定人的活动应提供必要的条件和保障，但不能干预鉴定结论，不能要求或暗示鉴定人出具某种结论。 鉴定活动不受机关、团体、社会组织和个人的非法干扰，诉讼当事人干扰鉴定活动也要承担相应的法律责任;
3、司法鉴定机构之间是平等的、独立的，相互间无隶属关系，鉴定结论不受相互制约和影响，无服从与被服从关系（当前局部地区规定对鉴定结论实行“复核鉴定”与“二鉴终局制”等均与独立性原则相抵触）;
4、 实行鉴定人负责制，鉴定人的活动应对鉴定结论承担法律责任，必须在鉴定书上签名或盖章。多人参加鉴定，对鉴定结论意见不一致的，应当在鉴定书上分别注明不同意见的人数及其理由。鉴定过程中，任何机关、团体、社会组织和个人，不得非法干预鉴定人的活动。 鉴定结论实行鉴定人负责制不能以少数服从多数办法强行统一。
5、司法鉴定活动坚持独立性原则与依法接受法律监督两者并不矛盾，而是相互制约、相互促进，其共同目的在于确保鉴定活动及其结果的客观性、公正性。 我国许多司法鉴定法规、规章中，都有司法鉴定机构和司法鉴定人从事司法鉴定活动应当接受国家、社会、诉讼当事人、鉴定委托机关监督的规定。
