在哲学思想上继承和发展了老子“道法自然”的观点，使道家真正成为一个学派，他也成为了道家的重要代表人物。
认为“道”是客观真实的存在，把“道”视为宇宙万物的本源。
他继承和发展老子“道法自然”的观点，认为“道”是无限的、“自本子根”、“无所不在”的，强调事物的自生自化，否认有神的主宰。提出“通天下一气耳”和“人之生气之聚也，聚则为生，散则为死。”他的思想包含着朴素辨证法因素。
他认为“道”是“先天生地”的，从“道未始封”(即“道”是无界限差别的)。他看到一切事物都处在“无动而不变，无时而不移”中，却忽视了事物质的稳定性和差别性，认为“天下莫大于秋毫之末，而泰山为小;莫寿乎殇子，而彭祖为夭”。
任何一物都是大的,因为总有比它更小的东西,从这里看万物莫不为大,因而秋毫也可以说是天下最大的,相对于一切比它小的物质世界来说;天下任何一样东西都可以称为是小的,因为总有比它大的存在,从这点看,天下万物莫不为小,泰山也不例外,相对于一切比它大的物质世界来说;天下任何东西都可以称为寿,因为总有比它活得更短的,以此观之则无物不寿,相对于比自己短的来说,夭折的婴儿也是天下最长寿的了;天下什么东西都可以称为夭,无物不短命,因为总有比它长寿的,相对于比自己长寿的来说,活了八百岁的彭祖也是短命的。
他认为，天人之间、物我之间、生死之间以至万物，只存在着无条件的同一，即绝对的“齐”;主张齐物我、齐是非、齐生死、齐贵贱，幻想一种“天地与我并生，万物与我为一”的主观精神境界，安时处顺，逍遥自得，而学“道”的最后归宿，也唯有泯除一切差异，从“有待”进入“无待”。在思辩方法上，把相对主义绝对化，转向神秘的诡辩主义。
所谓“有待”，就是有所依赖、有所对待，是指人的某种愿望、要求的实现要受到一定主、客观条件的限制;所谓“无待”，即无所依赖、无所对待，是指人的思想、行为不受任何条件的限制。
《庄子·养生主》：“吾生也有涯，而知也无涯，以有涯随无涯，殆(危险)已!”从而他主张“保身全生”。
庄子认为，从“道”的角度看，当天地阴阳二气聚合时人就出生。人生存在世上就像骏马驰过一样，稍纵即逝。正由于人生短暂，故应树立“保身全生”的观念以适应自然运行的规律与事物变化的情理，从而达到“道”的境界。所谓“保身”，就是指在社会生活中使自己不受社会非理性的伤害;所谓“全生”，就是指以生命为人生命活动的目标，人生的存在就应维护一个完整的生命。
怎样才能“保身全生”呢?在庄子看来，就应那些顺天地、忘物我而获得绝对自由的得道的人一样，做到“无功”、“无名”与“无己”。“无功”、“无名”，指不求有功有名。是一个层次，指对身外物累的决裂;
“无己”则是另一层次，指对自我本身的抛弃即忘掉自己的一一切，使精神得到彻底的解脱，使心灵得到彻底的释放。“忘乎物，忘乎天，其名为忘己。忘已之人，是之谓入于天。”(《天地》)说明人应忘己无为，方能与自然融为一体，也就是与大道相吻合。只有超越自我，才能实现自我的人生价值。
庄子和儒墨有一点很大的不同，儒家墨家推崇圣人，而道家则反对推崇圣贤。老子说：“不尚贤，使民不争。不贵难得之货，使民不为盗。”，“绝圣弃智，民利百倍;绝仁弃义，民复孝慈;绝巧弃利，盗贼无有。“《庄子·胠箧(qūqiè)》：“世俗之所谓智者，有不为大盗积者乎?所谓圣者，有不为大盗守者乎?何以知其然邪?
“圣人生而大盗起”。“圣人已死，则大盗不起，天下平而无矣。”“窃钩者诛，窃国者为诸侯，诸侯之门而仁义存焉”。
人人的明慧、聪敏、知巧、德性，都内含而不炫耀于世，天下就不会迷乱、邪僻了。
另外，庄子反对儒家的等级观念，儒家说“君君臣臣父父子子”，庄子认为“道通为一”，认为道在万物，万物平等。
庄子主张“天人合一”和“清静无为”。曾做过漆园吏，生活贫穷困顿，却鄙弃荣华富贵、权势名利，力图在乱世保持独立的人格，追求逍遥无恃的精神自由。
“东施效颦”、“邯郸学步”、庄周梦蝶、鹏程万里、游刃有余等都出自庄子。
