仲裁与司法是解决当事人之间民商事纠纷的两种不同的处理方式，司法管辖源于主权国家授权，仲裁管辖源于双方当事人签订的仲裁协议，仲裁裁决只有在法律认可的前提下才具有与法院相同的效力。法律对仲裁裁决的最终认可，是通过法院的司法审查实现的。如何正确行使法院在审判程序中对仲裁的司法审查权，《安排》的规定较为原则，采取的是“排除规定”的方式，即规定如存在一定情形可以拒绝执行，反之，即视为符合执行的条件。这类拒绝执行的情形有两类，一是应由当事人提出证明的情形;二是由受理执行法院主动查明的情形。在前一种情形下，如果被申请人未提出应予执行的充分理由，法院将推定有关仲裁裁决符合执行的条件。只有在后一种情况下，法院才对有限的事由主动进行审查，并依职权拒绝执行。
法院的司法审查对仲裁具有支持和监督的双重职能，体现为法院在仲裁程序中因当事人的申请进行强制执行仲裁裁决。按照《安排》的规定，对于申请人无论是向内地的中级人民法院，还是向香港特区高等法院申请执行仲裁裁决的，申请人应提交的文书都是相同的,主要是三项：执行申请书;仲裁裁决书;当事人之间的仲裁协议。实践中，由于仲裁协议的有效性是仲裁机构行使管辖权的前提，仲裁协议无效的直接后果就是当事人将不受仲裁协议的约束，这也是法院撤销和不予执行仲裁裁决的重要理由之一。仲裁协议效力的认定问题是司法审查的重要内容。
仲裁协议包括合同中订立的仲裁条款和其他书面方式在纠纷发生前或者纠纷发生后达成的请求仲裁的协议。实践中所遵循的原则是有利于仲裁的解释，尽可能尊重当事人的意愿。具体对仲裁协议效力审查主要从这么几方面进行：1、约定的仲裁事项是否超出法律规定的仲裁范围(主要指仲裁机构无权仲裁的情况);2、仲裁协议是否由无行为能力人订立的;3、是否采取欺骗胁迫手段，迫使对方订立仲裁协议;4、仲裁协议对仲裁事项或仲裁机构的名称的约定是否明确。对于香港仲裁协议效力的审查认定，根据《安排》第七条第二款第(一)项的规定，是在被申请人提出证据证明仲裁裁决具有下列情形之一的，法院才能根据该当事人的请求，拒绝承认与执行：第一种情形是仲裁协议之当事人，根据对其适用的法律，当时是处于某种无行为能力的情况下;或者根据双方当事人选定适用的法律，或者没有这种选定的时候，根据裁决作出地的法律，仲裁协议是无效的。据此，对于涉外仲裁协议效力的认定，首先是要正确地适用法律。如果当事人有约定的，应依其约定的法律;如果当事人未作此约定的，则根据裁决作出地的法律来认定，而不能简单地仅依据法院地法律来认定上述仲裁协议。需要在此指出的一个问题，是在仲裁期间，任何一方当事人对于仲裁协议的效力及仲裁庭的管辖权未提出异议，能否在仲裁裁决作出后，再以仲裁协议无效为由拒绝执行?或者能否以当事人实际参加仲裁而视为其承认了仲裁庭的管辖权?虽然诉讼法上一般都有默认承认管辖制度，即在法院无权管辖案件的情况下，如果当事人出庭应诉，作实体答辩，应视其承认法院的管辖权，当事人不得此后再作抗辩。但由于仲裁与诉讼在本质上的不同，仲裁管辖权来自当事人的自愿协商，而不像法院那样行使国家的司法管辖权，因此仲裁庭应注意自身的管辖权的来源，而不能在当事人进行抗辩之后，再审查是否有管辖权，更不能因当事人未作管辖权异议即视为自己即具有管辖权。
1、提出仲裁庭违反正当程序。《安排》将正当程序作为专项理由作出规定，是因为公正审理是裁决案件的基本要求。违反正当程序主要是两个方面，一是未给予适当通知，如被申请人未接到指派仲裁员的适当通知;二是当事人未能提出申辩。
2、提出仲裁庭超越权限。根据《安排》的规定，仲裁裁决涉及仲裁协议所未提到，或者不包括在仲裁协议规定之内的争议，属仲裁超越权限。由于仲裁庭的权限来自于当事人的约定，超出仲裁协议约定的范围，仲裁庭是无权仲裁的。对于仲裁庭无权仲裁的事项，当事人有权申请拒绝承认和执行。实践中遇到仲裁庭超越权限作出的裁决，多为部分超裁，对部分超裁的，可以对该部分不予执行。
3、提出仲裁庭的组成或仲裁程序不当。如果被申请人证实，仲裁庭的组成或仲裁程序同当事人的协议不符，或者当事人之间未定此种协议时，与进行仲裁地的法律不符，可以拒绝执行。根据《安排》优先适用当事人之间的协议的规定，当事人协议约定适用的仲裁规则仲裁庭应按约定的仲裁规则仲裁。如中国国际经济贸易仲裁委员会，授权当事人协议适用其他仲裁规则在该仲裁委员会仲裁。当事人的协议未规定事项，仍应遵循仲裁地法律。
4、提出仲裁裁决不具有约束力或已被撤销的。裁决是否具有约束力的问题，应依据适用裁决地法律，如果败诉方已向法院提出了撤销或停止执行仲裁裁决的申请，被请求申请人和执行该项裁决的法院以为适当，可以延期作出执行裁决的决定;如果该裁决已撤销，或者被仲裁裁决地法院宣布不予执行，同时在对方也应被拒绝执行。
上述，是必须由当事人提出证明，可以拒绝执行仲裁裁决的情形，在上述情形下，如果被申请人未提出不予执行的充分理由，法院不对有关事项进行主动审查，将推定有关仲裁裁决符合执行的条件，予以承认和执行。只有认定在执行该仲裁裁决违反社会公共利益的情况下，法院才对这一事项主动进行审查，并以职权拒绝执行。这种区别对待仲裁裁决的司法审查方式，符合诉讼当事人举证责任的规则，也有利于更多的仲裁裁决得到执行。
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