海事仲裁委员会立案受理后，即向申请人和被申请人同时发出仲裁通知，要求双方在收到仲裁通知之日起20天内在海事仲裁委员会仲裁员名册中各自选定一名仲裁员，或者委托仲裁委员会主任指定。在简易程序中，仲裁通知会特别告知，被申请人应与申请人在收到仲裁通知之日起15天内共同选定一名独任仲裁员。被申请人应充分珍惜选定仲裁员的权利，在规定的时间内遴选合适的专家组庭审理案件。当然，该专家不是代理人，当事人均被不能私下与专家接触，否则会造成专家回避等问题，反而对自身不利。
被申请人收到仲裁通知的同时，会收到仲裁委员会转交的申请人的仲裁申请书及其附件。被申请人应在仲裁规则限定的期限内提交答辩书。答辩是被申请人对申请人在仲裁申请书中提出的要求及所依据的事实证据和理由所作的答复和辩护。答辩要针对提出的仲裁要求一一予以答辩，是承认其要求，还是反对其要求，或部分承认部分反对。反对的或反驳的，要有事实有证据。实事求事、理由充分的答辩，将有利于仲裁庭在审理中查明事实、分清是非，公正合理地作出裁决。被申请人应重视答辩问题，不理不睬的态度是不可取的。被申请人应当在收到仲裁通知之日起45天内提交答辩书，简易程序的则为30天的答辩期限。被申请人延期答辩通常是许可的，但被申请人必须遵守仲裁委员会或仲裁庭就延期答辩申请所作出的有关时间限制的决定。在仲裁实务中，一些被申请人往往放弃或拒绝答辩，但这种行为并不影响仲裁程序的进行，反而使自己放弃了维护合法权利的机会。海事仲裁委员会仲裁规则第20条规定：“被申请人未提交书面答辩/或申请人对被申请人的反请求未提出书面答辩的，不影响仲裁程序的进行。”
在“船政”轮租金争议案中，出租人与承租人就租船合同项下的租金支付产生争议，1998年8月7日出租人根据合同中仲裁条款的规定向海事仲裁委员会提请仲裁，要求承租人支付出租人租金、垫付款及油款349,792.98美元。被申请人在规定的期限内不选定仲裁员，也不作答辩。海事仲裁委员会根据仲裁规则的规定于1998年10月7日组庭，于1998年12月14日在厦门开庭。被申请人不出席庭审，仲裁庭根据仲裁规则的规定进行缺席开庭审理。庭后，仲裁庭又向被申请人通报了开庭的情况，并给予对此发表意见的机会，被申请人仍然不作答复。1999年4月20日仲裁庭经合议，根据申请人提交的书面材料和庭审中的口头陈述，对该案作出终局裁决，裁决被申请人向申请人支付租金331,001.47美元，并支付全部仲裁费与实际开支。
反请求是在仲裁程序进行过程中被申请人对申请人提出的独立的主张，反请求可以单独进行，也可以与答辩一起提出。这是被申请人维护其合法权益的的重要手段。但是被申请人应该注意以下方面的手续问题：首先须知反请求应是书面形式的，书面的反请求应写明具体的主张和要求，反请求的原因以及所依据的事实和证据，并附具有关的证据材料;其次，被申请人必须在仲裁规则限定的时间内提出，在普通程序中，被申请人应在收到仲裁申请后60天内提出，简易程序中，被申请人应在收到仲裁申请书后30天内提出。逾期提出反请求的，仲裁庭可以不予受理，未受理的反请求，被申请人可以将其作为本诉，以仲裁申请的形式，另案提出;再次，提出反请求时，被申请人应按照仲裁规则的仲裁费用表规定交纳仲裁费。在仲裁实践中，仲裁庭对仲裁请求与反请求一般同时审理，作出裁决;对过期提出反请求的，原则上尽量予以合并审理，分别作出裁决。这样方便了当事人，有利于及时查明案件事实，使针对不同请求所作出的裁决更富有逻辑性。
“祁连山”轮争议仲裁案是有关反请求程序的一个典型例子。申请人提出更改港序费、滞期费的请求，被申请人在规定的期限内提出了转租运费、港口使费等的反请求，并及时办理交费手续。仲裁庭开庭对申请人的请求与被申请人的反请求同时审理，最后经仲裁庭合议作出裁决，裁决被申请人向申请人支付更改港序费和滞期费4万余美元，申请人向被申请人反请求金额5万余美元，被申请人的部分主张得到实现。此案中被申请人在申请人提起仲裁的情况下，除了对申请人的主张作了有理有节的答辩外，还及时提出了自己的主张，有事实有依据，通过仲裁维护了自己的合法权益。
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