“合法性”一词来源于英文的legitimacy。由于中西方的文化背景不同，中文的“合法性”往往被简单地理解为是合乎法律的。而legitimacy既有合乎法律的意思，更有得到各成员首肯、赞同的意思。本文中所提到的合法性指的是legitimacy的本来意义。
WTO制度是以“一揽子”协议的方式被各个成员接受并遵循的，各成员还以签署协定的方式明确表示它们是遵守WTO各项制度规则的，所以，对WTO的各成员来说，WTO具有了合法性。但是，由于国际社会比国内社会要复杂得多，而且没有世界政府作为权力机构来强制执行各种规定，所以，在国际社会常常会出现各种各样的问题对WTO的合法性形成挑战，例如贸易强国出于自己的利益考虑而制定并执行的贸易政策、随着区域一体化的发展而出现的区域贸易政策等都对WTO的合法性提出挑战。
WTO的目标是通过贸易自由化，提高各成员方人民的生活水平，建立一个完整的包括货物、服务、与贸易有关的投资及知识产权等更具活力、更持久的多边贸易体系。为了实现这样的目标，WTO制定了各个成员都应该遵守的基本原则。按照WTO的合法性要求，各个成员在选择各自的贸易政策时都必须无条件地遵循这些原则。只有如此，世界贸易领域才能形成统一的贸易政策选择标准，降低各成员的交易成本，提高效率，维护正常的世界贸易秩序，实现共同利益。但在现实中，一旦WTO的制度原则与自身的利益发生冲突，一些贸易强国就会在贸易政策选择的天平上发生违背WTO的制度原则而偏向自身利益的倾斜，从而形成对WTO合法性的挑战。
例如，在某些方面，美国执行WTO制度规则时就采取了有选择地执行的策略。在谈判农业贸易补贴时，美国选择了以WTO禁止补贴行为的规则为依据，强迫各个成员方政府不切实际地取消农业补贴，它的这种强权行为自然遭到多数成员的反对。而在201钢铁案中，美国又不顾WTO制度规则的约束，单方面对贸易伙伴采取限制措施，尽管最后遭到了WTO争端解决机制的败诉裁决，但是，它为调整产业结构和获取自己的贸易利益赢得了时间，造成其他成员的利益损失。更有甚者，美国的“301条款”系列与WTO的基本原则是相悖的，它赋予美国独立裁决国际贸易争端的权利，WTO作为一个贸易争端裁决机构产生之后，美国仍保留着“301条款”系列。由此可见，贸易强国的这种强权行为对WTO的合法性构成了挑战。
区域一体化贸易政策的快速发展也对WTO的合法性构成了严重挑战。
目前，在世界大陆的各个地区都存在着区域一体化组织。这些区域性的经济组织都是由各个地区中占主导地位的大国联合部分盟国携手合作建立起来的，它们在这些区域性组织中相互合作削减贸易壁垒，增强自己的经济实力以及在全球贸易谈判中讨价还价的力量。这些区域一体化的贸易政策对内部成员实行自由贸易，相对来说，就形成了对外部成员实施贸易保护主义政策，从而增强了各自组织内部成员的国际竞争力，结果就导致了各自区域一体化组织内部成员之间的贸易增加，区域外的贸易减少。
由于区域一体化的贸易政策可能会导致成员国的贸易转移，损害非成员国的贸易利益，所以，这种贸易政策明显地违背了WTO的非歧视原则、公平竞争原则、自由贸易原则，违背了WTO制度的合法性。
