就关税调整的影响而言，明显有利于那些具有零部件出口优势，原材料进口和出口导向型的产业。随着我国反倾销、反补贴税的制定和实施，国内钢铁行业、造纸行业对国外公司的反倾销诉讼将有更完善的法律环境。关税降低的负面影响主要集中在我国不具备比较优势的资本密集型和技术密集型产业上，如汽车、电信设备、医药、化工等行业及高新技术产业。缺乏自主研发能力的化学制药类和生物制药类中短期内受的冲击也会比较大。农业尤其是种植业则由于资源禀赋的限制，将面临长期的挑战。
所得税率统一是大势所趋，对外资企业以及特区内企业都会有影响。根据有关部门2000年颁布的政策，各地实行的对上市公司所得税先按33%的法定税率征收，再返还18%、实征15%的优惠政策将在今年年底到期。但我国优惠政策的调整会使一些行业和企业受益。一是高新技术产业。二是西部地区的企业，由于它们普遍继续享受国家对西部大开发的特殊优惠，对于这些企业的相对盈利能力有一定的支持作用。
消费税政策的调整对一些餐饮、娱乐等服务业和烟、酒等行业影响较大。特别是啤酒和平价白酒生产企业，由于竞争激烈，增税负担难以转嫁，企业赢利能力必然受到制约。对一些农业企业而言，由于国家已停止实行对从事肉禽蛋、水产品和蔬菜批发业务的企业增殖税先征后返的税收政策，也会使其收益减少。随着国家有关补贴政策的逐步取消，预计受影响的行业和企业会增加。而房地产业的营业税、契税、土地增值税等的减免措施将有力地促进房地产业的发展
自1998年以来中国一直实施积极的财政政策，但始终没有调动起民间投资的积极性，这与现行的税收政策不无关系。
1.1994年税收改革内容已明显不适应经济发展的需要
尤其是生产型增值税制，它只抵扣了原材料、燃料等所含的税额，而不抵扣购进的固定资产中所含的税额，实际上是重复征税，特别是对资本密集和技术密集企业的重复征收问题更为突出，抑制了投资，不利于企业的设备更新换代和技术进步。而且，我国增值税的基本税率为1 7%，如果换算成国外“消费型”的增值税，则税率高达23%，在一定程度上削弱了国内企业的竞争力。
2.亟待解决目前我国内外资企业税收负担差异的矛盾
加入WTO前，我国对外商投资企业和进口设备实行高于国内企业待遇的税收政策。这是基于我国国情，服务于对外开放政策，需要和适应对外开放战略格局的演进而形成的，对我国引进外资和经济增长起过重要的历史作用。但其弊端也日益显露：一是内外有别的税收优惠政策造成外资企业所享受的税收优惠面比内资企业宽。据一些资料反映，外资企业的实际税负比内资企业低1/3到1/2左右，使得外资的投资回报率一般要高于内资的投资回报率，致使国内资金投资受到约束，放大了外资对内资企业的“挤出效应”，也成为国有企业改革一个不可逾越的障碍。二是税收流失严重。据一些研究报告估计，1996年，中国对外资的税收减让使税收流失达1 300亿，1997年这个数字约为1 700亿。税收收入的流失构成了吸收国外投资的重要成本。三是内外有别的税收优惠政策设计背景是我国的高关税壁垒和大量的非关税限制。加入WTO后，随着市场准入程度的大幅度提高，国内企业将面临严峻的直接竞争压力，如果不调整对外资的税收优惠，我国企业的竞争劣势将更加显著。
3.不合理的税种配置抑制了国家财政宏观调控的空间
我国目前仍以流转税为主体税种的税制模式，增值税、消费税、营业税三项流转税占税收收入的比重超过60%。而其中增值税收入比重畸高，整体税收的走势过度依赖增值税，抑制了国家财政对积极的产业政策的支持能力。而且，同国外以所得税为主的税制相比，我国个人所得税和企业所得税占税收收入的比重仅为15%左右，调节社会财富分配的功能乏力，致使我国贫富差距的程度有所扩大。一方面，降低了社会资金的边际利用效率，另一方面，相对贫困人口比例的增加也限制了社会消费，使积累和消费的矛盾更加突出。
4.税费不清加重了政府财力不足与企业负担过重的矛盾
据调查研究表明，目前各类收费数额预计占我国GDP的10%
