(1)机构性质。关税与贸易总协定以"临时适用"的多边贸易协议形式存在,不具有法人地位;世界贸易组织是一个具有法人地位的国际组织。
(2)管辖范围。关税与贸易总协定只处理货物贸易问题;世界贸易组织不仅要处理货物贸易问题,还要处理服务贸易和与贸易有关的知识产权问题,其协调与监督的范围远大于关税与贸易总协定。世界贸易组织和国际货币基金组织、世界银行,成为维护世界经济运行的三大支柱。
(3)争端解决。关税与贸易总协定的争端解决机制,遵循协商一致的原则,对争端解决没有规定时间表;世界贸易组织的争端解决机制,采用反向协商一致的原则,裁决具有自动执行的效力,同时明确了争端解决和裁决实施的时间表。因此,世界贸易组织争端裁决的实施更容易得到保证,争端解决机制的效率更高。