在国际投资协定谈判中，所面临的挑战也与贸易谈判基本一致：在使用非歧视原则的利益和保留适当灵活性，以支持国内投资者和生产者并实现在其他特定国内政策目标之间寻求一种可行的平衡。
一、最惠国待遇和国民待遇
最惠国待遇和国民待遇是国际投资协定中应用非歧视原则最常用的两个标准。最惠国待遇包括两个方面：
一是缔约一方的国民或公司在缔约另一方领土内的投资所享受的待遇，不低于任何第三国国民或公司的投资所享受的待遇;
二是缔约一方的国民或公司在缔约另一方领土内与投资有关的活动所享受的待遇，不低于任何第三国国民或公司与投资有关的活动所享受的待遇。
从协定内容看，最惠国待遇的适用范围主要有三方面：
第一是投资所享受的待遇，主要是指投资准入的条件、投资财产、投资的范围、类型、内容等;
第二是与投资有关的活动所享受的待遇，主要指投资者在缔约国的各种经营活动;
国际法上的国民待遇是指给予外国人的待遇和给予本国人的待遇一样，即在同样条件下，本国人与外国人所享有的权利和承担的义务相同。在双边投资保护协定中，国民待遇条款往往与最惠国待遇条款并用。一般规定，给予缔约另一方投资者的待遇不低于其本国国民或其境内第三国国民的待遇。
在国际投资协定中，有关履行最惠国待遇和国民待遇义务也存在例外，如通过列举例外清单方式，为东道国的发展目标和区域一体化协定提供政策灵活性，并在公共利益方面实施管制等。
在国际投资协定中，外国投资在东道国的投资准入和建立与贸易协定中的货物和服务进入国内市场流通的市场准入不同，最惠国待遇和国民待遇标准比贸易协定中的待遇标准更为复杂。
在外国投资的准入方面，使用非歧视原则就是一个非常敏感的问题。即使是非歧视原则仅局限于开业后阶段，全面履行国民待遇义务也会限制东道国通过适当的法律、法规差别而保护国内投资者对外竞争的能力。并且，外国投资者在东道国的活动多种多样，仅在开业后阶段就包括一项投资的运作、治理、维持、使用、享受以及处分投资者的投资。因此，投资协定中的非歧视原则下的政策措施，非凡是国民待遇义务的使用范围非常宽泛。
在这两个标准中，最惠国待遇不像国民待遇那样，对东道国保护和支持的国内产业造成直接冲击，因而一般争议较少。对东道国政府来说，最重要的是区别对待本国投资和外国投资，而不是区别对待不同国籍的外国投资。
尽管如此，东道国还是希望能够根据其促进本国投资的政策，有选择地控制外国投资进入的类型及其进入的条件。比如，东道国可对每一个投资项目采用审批政策，以选择其认为与国内产业政策相容的外国投资。东道国还能在特定的外国投资者在当地开业并已开始生产后继续向他们提供投资激励或其他利益，而不向其他外国投资者提供。在这种情况下，东道国在投资开业前或开业后阶段就不愿提供全面的最惠国待遇。
对许多东道国来说，在外国投资进入阶段是否适用国民待遇是一个非凡敏感的问题。联合国贸发会议的研究表明，几乎所有的国际投资协定中的国民待遇，仅与开业后的投资待遇有关。但最近的一些国际投资协定，非凡是加拿大和美国的双边投资保护协定以及诸如北美自由贸易协定等区域投资协定，将国民待遇扩展到投资开业前阶段，这对许多国家来说是一种“革命”。
全面适用国民待遇，将使外国投资者和本国投资者处于完全平等的地位，这在很大程度上消除了东道国拥有的支持和保护国内投资者的措施。例如，在投资开业前阶段，适用完全的国民待遇，东道国就不能为本国投资者保留特定的产业或部门，不能对外国投资附加未对本国投资施加的特定条件。在开业后阶段，适用完全的国民待遇，东道国不能只向本国投资提供补贴或其他利益，不能在环境或就业等领域对外国投资实行比本国投资更严格的管制。因此，为使东道国在投资问题上保留适当程度自主权而给国民待遇原则附加的例外和条件是非常重要的。
在诸多国际投资协定中，实行非歧视原则通常的情况是一些协定给予全面而严格的国民待遇，而另一些协定则较为松散和狭窄。在非歧视原则的全面表述中，国际投资协定要求东道国根据可行的法律法规，在同等条件下，在所涉及的投资的开业、收购，以及运作、治理、维持、使用、享受及处分投资者的投资方面给予所有外国投资者不低于本国投资者的优惠待遇。
目前，很少有国际投资协定达到这种高水平。大多数国际投资协定只涉及开业后待遇，其关注的是投资保护而不是市场准入。而且大多数协定包含限制非歧视原则适用范围的例外，非凡是对国民待遇义务，在某些情况下限制相当严格。
1、“开业前”和“开业后”待遇
大多数国际投资协定在实行最惠国待遇和国民待遇时，在投资“开业前”和“开业后”阶段存在重要差别。
在处理外国投资的开业前待遇方面，国际投资协定采用两种主要方法：
第一种方法是外国投资的准入要遵循东道国的法律法规，在许多情况下还要求各方应为其他方的投资者在其领域内的投资创造有利条件。这是大多数双边投资条约中采用的规则。如各缔约方应促进其他缔约方投资者的投资，并根据其法律法规准许这些投资的进入。各缔约方应给予这些投资公平和公正待遇，不应通过不合理或歧视性措施损害这些投资的运作、治理、维持、使用、享受及处分投资者的投资。
这些协定并不限制任何一方管制或限制外国投资进入的能力，而且最惠国待遇和国民待遇并不适用于投资开业前阶段。但是，一般来讲，这些协定会在投资进入东道国后的“开业后”阶段，对外国投资适用最惠国待遇和国民待遇。
对待外国投资准入和开业的第二种方式是，在投资开业前和开业后阶段只适用最惠国待遇，或最惠国待遇和国民待遇同时适用。大多数美国的双边投资协定和最近加拿大的双边投资协定，以及一些包含投资条款的区域一体化协定，如NAFTA和南方共同市场，在投资开业前阶段适用了最惠国待遇和国民待遇。当然，在所有情况下，最惠国待遇和国民待遇的利益只涉及协定缔约方的投资者和投资，而不涉及第三国。
从目前来看，尽管这种方法在国际投资协定的适用还不具有普遍性，但UNCTAD注重到，近来在投资开业阶段适用最惠国待遇已经越来越广泛，这种情况表明，市场准入阶段的非歧视待遇对那些希望吸引更多外国直接投资的东道国来讲，日益成为一个重要问题。
国际投资协定中，投资开业前和开业后阶段最惠国待遇和国民待遇的适用通常是列出满足该义务适用的活动范围内的准入和开业。例如，美国双边投资协定范本中规定：对于协定涵盖的投资，在其开业、收购、扩张、治理、运作、经营以及出售或其他处置方面，各方应给予不低于其在类似情况下给予在其领域内其本国国民或公司的投资，或在其领域内第三国的国民或公司的投资的优惠待遇中最优惠的待遇。
2、非歧视性原则的例外条款
所有国际投资协定对非歧视原则都存在例外。这对决定最惠国待遇和国民待遇的适用范围非常重要。国际投资协定针对国民待遇义务的例外一般相对于针对最惠国待遇的例外要多一些。
许多国际投资协定包含系统例外，将特定的活动、部门和措施排除在非歧视原则的适用之外，这种排除范围比在贸易协定中要大得多。有些例外是基于互惠的考虑，例如，所有处理税收问题的国际投资协定都没有规定最惠国待遇，以避免损害独立互惠的避免双重征税的双边协定的目标。独立互惠的安排优先于国际投资协定方面的例子还有农业、渔业、海空陆路运输。一些国际投资协定回避了GATT/WTO中涉及的问题。
另外一些国际投资协定则不包括知识产权保护，承认协定缔约方在其他国际知识产权协定下的义务。还有一些国际投资协定将政府采购活动排除在非歧视待遇之外。此外还有一些国际投资协定，或排除国有企业控制的部门，或排除文化产业，或排除补贴等等。
大多数国际投资协定对非歧视原则都有一般的例外，通常，这些例外与贸易协定中的例外涵盖的政策领域类似。不仅包括东道国为追求在诸如公共卫生、秩序和道德等领域的公共利益而采取的措施，还包括为与区域贸易和经济一体化协定保持一致而采取的措施。
许多协定考虑了特定国家的例外。与GATS中使用的自下而上的“正向”列表方式形成对比的是，大多数协定通过自上而下的“负向”列表方式规定了对最惠国待遇和国民待遇义务的例外。在国际投资协定涵盖投资开业前和开业后待遇的情况下，例外的“负向”列表一般比只涉及开业后待遇的情况下要长。可见大多数协定只适用于投资开业后阶段。那些在投资开业前和开业后阶段都提供国民待遇的国际投资协定，一般会附加一个具体保留项目的时间表。这个时间表通常采用“负向”列表的方法，根据列表，国家许诺在所有投资阶段，在所有法律法规和部门都给予国民待遇，同时这个时间表还明确包括了保留的例外。
例如，美国双边投资条约范本中规定了各方采用或维持属于协定附录中列出的部门或问题的例外的权利。MERCOSUR在其成员国的投资方面采用了类似的模式，每个成员国有权在一个过渡期内维持例外的限制，但必须在协定的附录中具体说明。
3、最惠国待遇与国民待遇的关系
最惠国待遇和国民待遇是两个独立但又密切相关的待遇标准。这两个标准可能发生冲突，尤其当它们在具体条件不同的国际投资协定中同时使用时，发生冲突的可能性更大。
例如，东道国A与东道国B达成了一个双边投资协定，根据该协定，B国的投资者有资格获得一项不赋予A国投资者的非凡投资激励。A国与C国之间有一个已经存在的双边投资条约，该条约给予投资者开业后的最惠国和国民待遇，但没有任何非凡的投资激励。然后，来自C国的投资者就可以根据最惠国标准，而不是国民待遇标准要求给予投资激励。在解释A国和C国之间的双边投资条约时，应坚持哪一个标准?
在两者发生冲突时，一些国际投资协定并未规定以哪一个标准为准。德国、葡萄牙以及英国的双边投资协定范本都是这种情况。其他一些国际投资协定指定，适用其中对外国投资者或投资更有利或最有利的标准。加拿大、智利、一些欧共体成员、韩国、瑞士、土耳其和美国的双边投资协定范本，以及在NAFTA中都是这种情况。
在上面给出的例子中，由于给C国的投资者提供了比国民待遇更高的待遇，这意味着以最惠国待遇为准。所有外国投资者将有权获得给予B国投资者同样优惠的待遇。这种准则可以适用于投资开业前和开业后阶段。美国双边投资协定范本就是这种情况。
显然，在一个国际投资协定规定采用最惠国待遇和国民待遇中更优惠者可能导致所有外国投资者享受比本国投资者更优惠的待遇。但是，更可能的情形是，一个国际投资协定对国民待遇有例外或限制，结果外国投资者将在特定方面享受比其国内的投资者更优惠的待遇，而在其他方面则不是这样。
4、“投资”或“投资者”
选择“投资”或“投资者”，还是选择“投资和投资者”，具有重要含义。非歧视原则需要一个目标作为基础，国际投资协定在这个基础上适用非歧视原则，并明确什么会享有最惠国待遇和国民待遇。在GATT中，这个基础是产品，在GATS中则是服务和服务供给商。一些国际投资协定以“投资”作为目标基础，另外一些则用“投资者”，还有一些同时兼用“投资”和“投资者”。
