这份名为《日本新加坡新时代伙伴协定》( JSEPA)的两国自由贸易协定，由基本协定和附件组成，基本协定共22章，附件7个。基本协定涉及序言、一般条款、货物贸易、原产地规则、海关程序、无纸化贸易、相互承认、服务贸易、投资、自然人流动、知识产权、政府采购。竞争政策、金融服务合作、科学与技术、人力资源发展、贸易与投资促进、中小企业、媒体与广播事业、旅游、争端回避与解决和最后条款。JSEPA的主要内容有：
关税。 JSEPA规定对现有两国货物关税削减98.5%。新加坡承诺对日本所有进口产品实行零关税，日本承诺将现有的，对新加坡进口产品关税税目 34%实行零关税提高到 77%。由于日本对农产品的敏感性，在这方面的减让并不大，但两国农产品贸易占整个贸易的比重很小，1999年日本从新加坡进口的农产品只占日本农产品全部进口的 0.5%，新加坡从日本进口的农产品只占农产品全部进口的 2%，所以，农产品贸易对两国影响很小。
海关程序和无纸化贸易。当关税大幅度下降时候，贸易协定的焦点转移到了其他限制商品流动市场准入的潜在壁垒。复杂的和不一致的海关程序就被视为跨境商品流动的一大障碍。JSEPA承诺两国通过使用信息技术简化通关程序来提高商品清关速度和效率。两国同意使用信息技术取代目前传统的纸张文件以实现无纸化贸易。
相互承认。不同的检验和证书标准是另一个货物跨境贸易重要的壁垒。JSEPA同意，两国将采取步骤以确保相互承认各自评定机构确定或认可的检验标准和证书。一旦出口商取得本地评定机构对产品检验认可或证书就不再需要在进口方重复有关程序。所有这些的约束都会减少跨境交易的延误，促进双边贸易。
服务贸易。服务贸易占整个世界贸易的20%。日本的服务贸易出口额占世界服务贸易额的 4.7%，为世界第 6位。新加坡的服务贸易出口额占世界服务贸易额的 1.4%，为世界第 17位。协定制定了服务贸易自由化和促进该行业发展的许多条款。两国在WTO框架下对服务领域的130个部门作出承诺，但 JSEPA已超出了130个部门。两国承诺对已承诺开放的部门接受于市场准入、国民待遇和国内法规的约束。在服务领域中， JSEPA有4个部门值得关注：(1)旅游业。为促进两国旅游业的发展， JSEPA建议两国建立旅游业联合委员会。具体地说，两国同意备忘录关于缔结日本银座和新加坡果园路结成姐妹城市的措施，目的不仅仅是促进这两个购物城市的旅游业，而是携手促进东南亚地区的旅游业的发展。 1999年，东南亚旅游业占该地区GDP的10. 6%，旅游业就业人数 1530万，为就业率的7. 3%。所以， JSEPA将对该地区的旅游业产生积极影响。(2)信息和通信技术(ICT)，日本和新加坡在ICT贸易和ICT使用方面占据重要地位。 JSEPA同意两国相互开放40种信息技术产品的市场准入，两国同意为双方电信服务提供公平竞争环境，减少影响ICT贸易的技术障碍，提供争端解决的途径，促进电子商务交易。(3)媒体与广播事业，该领域被两国视为合作的一个关键领域，它涉及了数字广播、数字电视等新技术的研制和发展。JSEPA规定的合作内容有：建立广播业联合委员会，审议和讨论该领域合作关系。在两国该领域的管理机构间交换政策信息和新服务项目的信息。
投资便利和自然人流动。JSEPA涉及的投资包括了直接和间接投资，成员的一方要给予另一方的投资者和涉及建立、兼并、扩展、管理、经营等投资活动国民待遇。禁止对投资业绩要求的规定。具体指，成员的一方不得对另一方投资者的投资规定货物或服务出口比例，不得规定国内含量比例，不得规定进出口的数量、金额和与投资有关的外汇数量限制，不得限制投资者企业销售产品和服务，不得限制技术转移。 JSEPA规定相互承认专业合格证书，相互提供给对方的自然人进入本国、逗留、工作和从事投资活动的权利。
其他领域。(1)竞争政策方面，JSEPA规定各方根据自己的竞争法和法规，采取措施制止反竞争行为，以维护贸易和投资按市场经济的方式行事;( 2)政府采购方面， JSEPA规定建立一套相关的程序和法规;(3)在知识产权方面，JSEPA规定采取合作方式保护知识产权;(4)制定有序的争端解决程序;(5)开展科技和人力资源方面的合作。
从以上内容可看到， JSEPA合作的范围超出了现有WTO多边合作的内容， JSEPA是一个较为全面的经济合作协定。
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