跟单信用证的操作流程简单，当买方从国外进口货物时，向本国银行申请开具向卖方(或信用证的受益方)付款的信用证，卖方根据销售合同规定的运输方式，将能够证明货物已经出运而且符合信用证要求的文件交与银行议付。证明货物出运的主要单据是提单，除此之外还有一些双方约定的单据，如原产地证明、商业发标、保险单等。
那么，银行在跟单信用证体系中起什么作用呢？当开证行收到全套符合要求的文件后，开证行会将约定的货款付给卖方(或受益人)。通常，开证行要求卖方将单据交给其本国的银行，该银行作为议付行。议付行将全套完整的单据邮寄给开证行，开证行将这些文件转交给买方(开证申请人)。
为使跟单信用体系运转良好，削弱卖方和买方的风险，卖方提供给银行的文件必须具有可靠性和真实性，而且执行贸易合同的承运人必须是值得信赖的。当然，银行本身的可信度也是一个重要因素。在一般情况下，如果卖方提供的文件符合跟单信用证的要求，银行则履行付款义务。但是银行不担保文件的真实性和可靠性。如果银行发现单据不符或文件失效，这时跟单信用证就失效了。银行审核单据的正确性时非常谨慎，单据之间内容是否相符，单据与信用证是否相符，这是银行接受议付或拒付或拒绝议付的根本原因。
跟单信用证体系下，银行操作的是单据而不是货物。例如，银行处理原产地证明时，并没有考虑货物的实际状态，银行只考虑文件内容是否符合信用证要求。但是，有些文件银行是不予考虑的，如印刷在提单背面的条款，银行处理单据的准则是国际商会500号出版物《跟单信用证统一惯例》。
在跟单信用证体系下，卖方和买方怎样才能降低风险呢？
首先，必须认真缮制销售合同。国际贸易是从订立合同开始的，合同中应阐明买方申请开证时向银行提出的条款，这些条款应该清晰、简单可核实并且限制条款少。买方对运输单据的规定要具体、如提单的种类、由谁签发等。买方应明确规定对于货的品名和包装的描述，语言应清晰、明了、便于银行审核单据。合同中应避免使用诸如“第一流的承运人”、“特定天气状况下装船”之类的语言。当卖方向银行提供的文件需要满足上述语言要求时，议付行将无所适从，不得不征求申请人(买方)的意见，这必将造成议付延迟。除进口清关和官司方所要求的文件外，进口方(买方)不应要求过多的文件，因为文件越多，银行遇到单证不符点的机会越大，这必将影响跟单信用证体系的顺利运行。
其次，卖方收到信用证后，必须及时、认真地核查。通常，收到信用证后，卖方即根据销售合同地条款开始备货，准备出运。但是，当卖方根据销售合同准备好单据提供给议付行时，发现单据不符合信用证的要求，银行只能根据信用证议付，而对销售合同一无所知。由此，必将造成议付失败或有条件议付。如果卖方收到信用证衙及时与销售合同比较，发现信用证有偏差，卖方可以通知买方更改信用证，上述麻烦是可以避免的。
最后要说明的是，货主不要为了获得清洁提单而向承运人出具保函。
实际上，货主都知道，应该使与货物有关的单据真实地反映出货物的实际情况。这不仅是银行审核信用证时的要求，而且也是因为发生过利用单据进行诈骗的情况。但是，卖方为了获取清洁提单，往往通过向承运人出具保函的方式要求承运人删除批注。事实上，承运人有权对收到的待出运货物状态进行批注，因为这可以限制承运人承担的责任。对于出具保函的做法，银行方面十分反对。有些国家的法律是不承认这种保函的，而且认为这是欺诈行为，是卖方与承运人共同欺骗买方。真正的问题是，一旦这种保函落入买方手里，那么跟单信用证的操作就复杂化了。
