整个学习实践活动分学习调研、分析检查、整改落实三个阶段。
这一阶段要围绕“深学理论，广泛调研，解放思想，科学发展”的思路，开展好“三研”活动。
2、思想解放研讨活动，围绕局我校开展的有效课堂研究和新形势下如何提高我校办学质量开展大讨论活动，探索学校减负增效的科学办学之路，努力探索出一条“轻负担、有质量”的农村中学办学之路。
3、形式多样的调研活动。在学习基础上，要深入调研走访，听取教师、学生和家长意见，召开不同类型的座谈会，发放问卷调查和征求意见表，倾听呼声，理清一批影响和制约教育科学发展的突出问题，形成一篇有质量的调研报告。
这一阶段围绕“发扬民主、查找差距、深析原因、建好台帐”的思路开展，重点抓好“两会一报告”工作。召开好专题民主生活会和组织生活会。广泛征求各方面意见，深入查找影响和制约科学发展的突出问题，群众反映强烈、影响社会稳定的突出问题，党性党风党纪方面的突出问题。开展好“三查三看”活动，查党的教育方针是否落实到位，看办学行为规不规范，查是否与上级部署工作步调一致，看党性党纪严不严，查“有效课堂改革”活动实效，看工作作风实不实。要对查找出的问题进行梳理，分析成因，建立台帐，写好分析检查报告，报告要突出检查和分析两个环节，避免写成工作汇报或工作总结，主要负责人要全程主持分析检查报告的撰写。
围绕“建章立制，落实整改，解决问题，突出效果”的思路进行。
1、制定切合实际的整改落实方案。以分析检查报告为依据，注重针对性，计划性和可操作性，按轻重缓急和难易程度，分别提出整改落实目标，方式和时间要求，明确分管领导，责任部门。整改落实方案制定后，以适当方式向党员、群众公布，作出公开承诺，接受群众监督。
2、集中解决突出问题。按照整改落实方案要求，进一步明确学校贯彻落实科学发展观的工作思路、工作措施和工作方法，集中力量、集中时间解决一些通过努力、在活动期间能够解决的、影响和制约科学发展的突出问题。从群众最关心的事做起，把关心家庭经济困难学生以及关注留守儿童、暂困生的结对帮扶、加强师德师风建设、以减负增效为主题的课堂教学改革等作为突出问题加以解决，让师生实实在在地感受到学习实践活动的成效，防止形式主义。
3、完善相关体制机制。在着重建立健全推动科学发展的政策规定和体制机制的基础上，还要认真清理现有的规章制度，切实做好废、改、立工作。
