随着统筹城乡的发展，农村经营管理的各项职能在农业农村经济发展中显视出越来越重要的作用，同时通过对乡镇农经职能的调整，市、区县级农经站纳入参公管理等，总体上全市农村经营管理体系的权威性得到提升。但全市农经体系特别是基层农经体系仍旧存在一些亟待解决的问题。
（一）基层农经机构缺失。全市乡镇级取消了农经事业站后，多数乡镇政府不重视农经职能的履行，致使上级相关工作无法落实下去，农业农村发展情况无法真实反映上来。全市农经系统陷于“有头有身无腿”的尴尬境地，不仅基础不牢，而且濒于崩溃的边缘，处于举步维艰的困境。
（二）基层农
经人员缺位。据调查，20xx年通过招录的1300名左右农经公务员，目前仍在农经岗位专职从事农经工作的不到30，大部分都由乡镇安排到其他岗位工作。除了农经职能外，这些人员承担着乡镇企业、招商引资、市场管理等职能，基本无法确保有人专职从事农经工作。未能招录入公务员的其他农经事业人员由于身份、待遇等问题，已经不同程度存在抵触情绪，没有积极性从事农经工作。
（三）农经专业人才缺乏。农经工作业务性、政策性强，市县虽然每年都进行业务培训，但由于乡镇无农经机构，农经机人员变动频繁，经常是一年或半年一变，刚来的基本不熟悉农经工作，基层农经专业人才缺乏，难以保证农经工作质量。
（四）农经工作推进缺项目。农经项目建设与其它行业关联较大，涉及到培训，有科教管理机构，涉及产业发展，有具体产业管理单位。一般情况下，财政资金更容易投到具体产业和培训主管机构，而农经主要是敲边鼓，甚至做嫁衣。农经统计、农村土地承包管理系统等基础性项目，由于缺少“看点”，年年申请，年年都没能立项，农经工作缺少项目支撑。
（五）农经政策落实缺力度。目前，需要农经体系贯彻落实的农业农村政策越来越多，法律法规政策体系愈趋健全。但由于农业农村情况特别复杂、有些政策规定过于笼统和原则以及缺乏较硬的监督保障机制，部分地方在执行过程中存在流于形式，甚至没有执行的情况。如我市农村土地二轮延包工作，尽管已经超出国家规定农村土地承包合同签订率90的要求，但受工作经费少、人员不足以及不触及深层次矛盾问题等因素影响，一些地方仅作简单顺延，不少地方土地承包档案资料没有在镇街集中管理或未及时整理归档，个别地方还存在“一户两证”或“一地多证”的现象等。
