《刑事诉讼法》第四十九条 ;“公诉案件中被告人有罪的举证责任由人民检察院承担，自诉案件中被告人有罪的举证责任由自诉人承担”。
一是按照犯罪行为发生的时间顺序。有些案件的犯罪行为是由一系列相对独立而且时间顺序清楚的具体活动构成的，如杀人的预备、实行、死亡结果的发生;有些案件是数罪案件，如抢劫几十起。对这些案件按照时间顺序举证，能够清晰地向法庭展示犯罪过程的发展脉络，也符合认知规律。但对有的时间顺序不明显，犯罪过程极短的案件，则不宜使用。
按照事实要素在案件中的重要程度。每案都由一系列事实要素构成，各个事实要素在案件中的重要程度不同，有的属于构成要件事实，有的属于案件相关事实;有的表明犯罪人是谁，有的表明其实施了什么犯罪，还有的表明犯罪后的态度。合议庭应当引导公诉人根据各事实要素在案件中的性质和地位安排举证顺序。第一种是从内向外的举证顺序，即先从核心事实要素举证，再就外围事实要素举证，这种方法比较常用，优点是重点突出。第二种是从外向内的举证顺序。主要用于被告人翻供、不认罪的案件。
按照案件事实之间的因果关系。案件事实之间往往存在各种因果关系，如行为事实与结果事实之间、行为事实与行为事实之间。这时，举证就可以按照事实要素之间的因果关系进行。它又可以分为两种：先因后果的举证顺序，即先就案件的原因举证，再就犯罪结果举证;先果后因的举证顺序。其优点是有助于把握事实之间的关系。
按照共同被告人在犯罪中的主次地位。一般是先主犯后从犯，先实行犯后非实行犯。此外还可按先定罪证据后量刑证据，或者按照起诉书所指控的罪行顺序举证。举证顺序一般由控辩双方自定，法官不宜干预，但要正确引导和掌控，应以有利于查明案件事实为原则。但有个问题需要注意，目前在一审开庭时，法庭举证一般都从讯问被告人开始，这样做的合理性值得研究，因为这等于让被告人自己指控自己犯罪。被告人的供述和辩解是不同的证据，前者属控方证据，后者则属辩方证据。
另外，如果被告人所作的是无罪辩解或罪轻辩解，那么公诉人对被告人进行的讯问就将成为控辩双方的直接对抗，而在法庭调查刚刚开始，就让双方进行抗辩，对庭审质量、效率和气氛都容易产生不利的影响。正确的做法是：如果被告人认罪，举证可以从讯问被告人开始;如果被告人不认罪，就不宜从讯问被告人开始，而应从有罪证据开始。
刑事诉讼需要证据来证明案件事实，要为哪些问题举证，由谁来举证两个问题至为关键。因为刑事案件区分为了自诉案件与公诉案件，因为在自诉案件当中，往往举证责任是由自诉人来承担，而要是在公诉案件里面，那么举证责任一般就是由公诉人来实际承担了，而作为被告人并不承担自证无罪的责任。
