（一）《刑事诉讼法》对立案阶段的规定，使受案主体的"审查活动"的性质模糊不清。立案程序的中心任务是对立案材料的审查，依相关法律规定，这种审查并非程序上的审查，而是一种实体上的审查。刑事案件，尤其是由公安机关直接受理的案件，往往具有突发性、紧迫性和不确定性。公安机关在接到报案、控告后须立即赶赴现场进行现场勘查，物证勘验，搜查扣押，调查访问，追捕犯罪嫌疑人稍有懈怠即可能贻误战机、丧失许多重要的证据。那么这些"审查活动"究竟是什么性质呢？
大多数人认为这种立案前的行为仅仅是一种非侦查性质的调查活动，这种观点是有充分的法律依据的。我国《刑事诉讼法》第82条第一项规定"侦查是指公安机关、人民检察院在办理案件过程中，依照法律进行的专门调查工作和有关的强制性措施。"很显然，这里的"办理案件"当然是指刑事案件，即侦查的客体是已经作为一个刑事案件成立了案件。也就是说，侦查活动只能在刑事诉讼开始后才可以进行，在刑事诉讼尚未开始之前运用，显然是不符合法律规定的。但是在司法实践中，大量的刑事案件不仅依靠侦查活动才能够判明是否应当立案，而且根据案件情况还要采取相应的强制措施来限制行为人的人身自由，以保证尚未正式开始的诉讼的顺利进行。如果说这些都是非诉讼性质的调查活动，那么在适用主体，适用对象，适用手段，适用程序要求等方面完全一致的情况下，"调查"与"侦查"有何区别？
实质上，无论是法学理论界还是司法实践中，多年来是习惯于把这种"审查"当作"侦查"来对待的，因为审查的主体一般是立案后侦查的主体，审查过程中无论采取某种调查手段还是适用某种限制人身自由的措施，都要依照刑事诉讼法关于侦查程序和强制措施适用的规定来进行。立案后的侦查活动就是审查活动的继续。立案，无非是把一个完整的阶段一分为二。这种立法的不明确，给执法带来很多难题。
1、既然审查受案材料必须要采取侦查手段和强制措施，是不是就意味着侦查可以在立案之前进行？如果诉讼程序不容随意颠倒，侦查必须在立案后才能进行，那么立案前采取的侦查手段是否合法？
2、如果依立法精神不能颠倒诉讼阶段，立案前的审查就是一种非诉讼活动，在这种非诉讼活动中收集到的证据材料，能否自然进入诉讼来证明案件而不需要重新收集？如果立案前适用侦查手段不符合法律规定，那么在此期间收集到的证据材料是否应当排除？
3、虽然审查方式就是各种侦查手段，但在要求上，没有任何法律和部门将它等同于侦查，这就造成了审查的随意性--可以审查也可以不审查，什么时候审查，用什么方法审查等，完全由受案部门自由决断。虽然1996年刑事诉讼法修改增设了"立案监督"的制度，但并未从根本上解决问题，立案审查仍是一个模糊不清，随意性很大的活动。这不仅不利于对当事人合法权益的保障，也不利于司法严肃性。
所以，设定的独立的立案程序，从理论上讲，使原本就是侦查活动的立案审查变得"身份可疑"，从执法中看，权力主体的活动缺乏系统详尽的规范，很不利于公民合法权益的保障。
（二）立案程序的不合理，导致实践中"不破不立"现象的产生。"不破不立"是指在司法实践中存在的案件侦破以后才立案的"违法"现象。之所以说是违法的，就是因为它颠倒了刑事诉讼的阶段，打破了诉讼的顺序。这种现象的存在，与我国行政长期干预司法，司法不独立，司法活动之外的非理性的长官意志违背客观规律，单纯追求高破案率有直接的关系。但这种现象的屡禁不止是否就寓示着立法与执法的脱节呢？
立法对立案程序的郑重其事，使得执法部门和诉讼参与人都把这个程序本身看得很重，没有这个程序就不能展开刑事诉讼。但过分谨慎的结果就是迟疑和对报案人、控告人报案行为的消极的不作为。这个沉重开头令人望而生畏。所以许多案件从这个程序就开始扯皮，许多被害人及其亲属历尽千辛万苦才能勉强启动立案程序。为了缓和这种矛盾，中庸的做法就是先侦查，有把握破案就正式立案，无把握就不明不白地"挂"起来。
另外，根据立案的要求，只有在确定了有犯罪事实存在，且应追究刑事责任时，才符合立案的条件，而办案人员接受案件线索时，许多都是未知的。事实不可能清楚，对犯罪嫌疑人也一无所知，如果不展开必要的侦查又如何能判断是否存在犯罪事实；追究刑事责任既有犯罪事实方面的要求，也有法律上的行为能力方面的要求，不明确犯罪嫌疑人如何判断应否追究刑事责任。所以，相当数量的案件就是在侦查过程中"边破边立"甚至破了才立的。这是符合侦查的客观规律的。正因为如此，对"不破不立"现象，无论是法学理论界还是司法实践界，态度都比较宽容。
二、对现行立案程序改革的建议刑事诉讼中，与立案联系最紧密的是侦查，因此，立案程序的任何变革都与侦查息息相关，由于我国侦查行为性质具有一定政治色彩，侦查权力分配不够合理，侦查权力的行使缺乏足够的制约机制，个别侦查人员素质低下，侦查技术装备滞后等诸多因素导致的刑讯逼供、超期羁押、随意搜查等侵权现象较为普遍及现行侦查程序设置之弊端在整个刑事诉讼构造中显得尤为突出。但无论今后的侦查程序如何构建，立案作为一个独立的诉讼程序，都应当取消。其具体设想如下：
（一）侦查机关在接到公民或单位的报案、检举、控告、自首或其它案件线索后，如认为确有必要就可以展开初步侦查，包括进行现场勘验、物证勘验、询问有关证人和被害人，搜查等侦查措施，必要时要以对现行犯或重大嫌疑人进行拘传或拘留。
（二）初步侦查后，只要能够认定有犯罪事实事在，无论是否应对行为人追究刑事责任，均应进行刑事案件立案登记，并报检察机关备案，转入正式侦查。即将侦查分为两步：初步侦查和正式侦查，建立案件登记制度，并报检察机关备案。这样规定的好处在于，第一，明确了案件登记之前的行为是侦查行为，这样一来，侦查机关采取侦查手段和强制措施，就有了法律依据，同时，也有了执法约束。侦查机关必须严格依照法律对侦查手续和强制措施适用的程序要求来执法，实现司法活动的规范化。第二，加强了侦查机关对案件进行侦查的灵活性。因为初步侦查与正式侦查的区别，初步侦查不再看作是以启动诉讼为唯一目的的活动。第三，以案件登记替代立案程序，能更加客观地对刑事案件进行统计。第四，报检察机关备案可以使检察机关从案件登记开始对侦查活动进行全面的监督。
（三）经初步侦查，侦查机关如果认为被侦查行为尚不构成犯罪或依照刑法规定可以免除刑罚处罚的，在进行了不立案登记后，将案件移交治安行政部门处理，同时通知报案、检举、控告、自首的公民和单位。这样一来，即使该案不作为刑事案件继续侦查、起诉、审判，也可以作行政处理，以避免侦查部门和治安行政部门的重复劳动。
（四）控告人对不立案不服的或者对侦查机关不积极调查案件的不作为行为不服的，既可以向上一级侦查部门申请复议，也可以向检察机关提出控告或直接向人法院提起诉讼。
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