山煤所认为自己以专利使用权投资，而秦晋公司认为山煤所投资的是专利所有权。陕西高院判决支持了秦晋公司的诉求，山煤所不服，向最高法院申请再审。
在调卷提审此案时，透过案件的复杂与矛盾的尖锐，法官们看到了矛盾背后能惠及双方和社会的利益。生硬地判决，其结果只能是双方从此形同陌路，终止合作。有资金的一方不懂技术，而懂技术的一方却不能让这技术为自己带来经济利益，这对双方都是损失惨重。
“技术如果不投入使用，专利的发明就没有意义。”艰难的调解之路上，这是承办法官对双方当事人的诚恳告诫。调解过程中，法官劝导双方在明确利益划分，保护知识产权的同时，更要考虑到合作发展。动之以情，晓以利弊，经过3次艰难的调和，双方当事人平息了怨气，化解了矛盾，调解协议最终达成。
“我们真的很感谢法官，他们的大局意识和不辞辛劳的精神，真是无愧于最高人民法院法官称号！”在记者采访当天，正巧遇到山东鲁南贝特制药有限公司负责人和代理律师向法官送来感谢信。归功于法官们出色的司法水平和无比的耐心，才使鲁南公司从重重诉累中得以解脱，他们的感激之情溢于言表。
山东鲁南贝特制药有限公司与广东丽珠医药集团股份有限公司因为商标侵权纠纷已经当了5年的“冤家”。丽珠公司诉鲁南公司生产的单硝酸异山梨酯片侵犯其“欣康”商标，二审最终驳回丽珠公司的请求。丽珠公司不服，申请再审。
民事诉讼的同时，行政诉讼也进行着，2004年鲁南公司以丽珠公司3年未使用“欣康”商标为由，向商标局商评委申请撤销。商评委最终撤销了“欣康”注册商标，丽珠公司不服，向北京市一中院起诉。与此同时，丽珠公司在商评委也继续进行着一系列与此商标有关的诉讼。
“这是一个典型的‘串案’”，承办法官王艳芳向记者解释道。“知识产权纠纷会经常牵扯到商标局、专利局等行政部门，一边在法院打侵权，一边在专利复审委或商标评审委打无效或撤销，这是很常见的现象。但这一现象还只是显在层面，潜在层面还蛰伏着难以计数的授权使用案。”因此，解决知识产权纠纷中运用调解手段，在从根本上化解矛盾的社会意义上，便会具有延伸效应，当一案达成调解或和解的同时，其他相关民事行政纠纷也能化解于无形。
于是，法官们敏锐地意识到此案如果简单判决，一方面，丽珠公司的行政诉讼和其他相关诉讼不会了结；另一方面，在鲁南公司申请撤销“欣康”商标之后，有100多家企业紧盯着这个商标的潜在社会价值，积极申请注册，等待授权。鲁南公司即使打赢官司，其商品名和商标名也很难统一，后患无穷。
因此，为了从根本上解决矛盾，案件承办法官在对此案进行听证前，即向各机关了解了相关的案件情况，做了大量准备工作。
阅读完厚厚的卷宗，开完听证会之后，一个崭新的一揽子解决思路在法官们心中渐渐清晰。如果能通过调解使丽珠公司将“欣康”商标转让给鲁南公司，使商品名和商标名统一，其他的相关诉讼也能了结，真正实现案结事了。
思路给了承办法官们鼓舞和信心。调解之初，当事人在金额上寸步不让。面对双方100多万的差距，“当时我都要快放弃了”，王艳芳法官说。但一看到双方当事人期盼且遗憾的眼神，想到就这么放弃，一定会留下隐患。于是她又坐回来，一直说到嗓子沙哑，站在大局的高度上劝告当事人不要因为长期诉累而影响了企业正常的生产经营，并充分说明风险利弊，让他们在心中形成相对合理的预期。被法官司法为民的信念和耐心的工作态度所感动，双方的对立情绪得到缓和，在几经权衡下，最后以鲁南公司支付给丽珠公司110万达成和解，丽珠公司与鲁南公司当场签订了商标转让协议。7小时的调解，彻底减轻企业诉累，使他们轻装上阵全心投入生产经营，这种满足感和成就感，远远超过了法官们自身的艰辛。
新时期的知识产权案件涉及面广，呈现出专业性强、技术争议大、新类型和疑难案件不断增多的特点。并且知识产权纠纷当事人多为知识分子，他们一般文化层次较高，重名誉，但较敏感，涉及到专业问题，容易各执己见。
“知识产权案件特点决定了，让双方当事人信服技术问题在法律上的判断，是调解工作得以顺利展开的关键。要做到信服，法官们除了加强自身的专业学习，更要会‘借力’，借专家之力。遇到专业性强的疑难复杂案件，我们庭的法官会邀请权威专家、行业协会等人员或机构一起参与到调解中。对于专家充分调研后得出的判断结论，当事人一般都会信服、采纳。”
最高人民法院知识产权庭审判长郃中林向记者阐释了专家在知识产权案件审理过程中的重要性，接着他介绍了由最高人民法院受理的第一起植物新品种案件。这起案件历经一审、二审，历时两年多，最终在专家的帮助下成功调解结案。
江苏省农科院是“一种利用两系法培育亚种间杂交稻组合的方法”发明专利权人和杂交水稻“两优培九”植物新品种权人，2003年许可江苏神农大丰种业科技有限公司使用该专利进行“两优培九”制种，并提供制种所需的母本和副本。双方后因制种大面积失败而引发纠纷，神农大丰公司以江苏农科院提供的母本种子质量不合格起诉，要求其赔偿损失。
江苏省高院一审认定，低温冷害是导致神农大丰公司大面积制种不合格的直接原因，而神农大丰公司不服，向最高法院提出上诉。此案在法院受理之前，大批特约制种农户两次到南京进行大规模上访。案件的处理，关系到社会和谐稳定的大局。
如何化解纠纷？种子质量是证明案件是非最直接的证据，但对于到底需不需要鉴定，双方意见相左，僵持不下，法官也很难充当技术权威让当事人信服。于是，案件主审法官郃中林亲赴长沙向“世界杂交水稻之父”袁隆平院士和涉案母本植物新品种发明人罗孝和教授进行咨询，专家们认真接受咨询并提出了许多宝贵的鉴定工作建议，合议庭据此最终决定进行鉴定。
但当前后历时一年多一份长达237页的鉴定报告出来后，当事人又出现异议：在没有国家标准和行业标准的情况下，应该用什么标准来判定种子合格与否？为此，法官们走访了农业部有关机构，认真向农业部的专家进行咨询。同时当事人一直强烈要求听取来自专家的权威性意见。郃中林等法官二赴长沙，再次找到两位专家。袁隆平教授感动于法官们不辞辛劳、一心为民的精神，不仅欣然接受咨询请求，而且还主动提出请法庭将双方法定代表人邀请到长沙，由他来做说和工作。
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