政府对于仲裁的外部控制，如同对其他市场行为的控制手段一样，无外乎法律途径(司法审查)、经济途径(税收调剂)和行政管理。而行政控制模式由于破坏了仲裁自治的内在逻辑结构，因而，对于市场化仲裁权制约机制的形成产生反效应。我国政府目前对仲裁的外部控制，主要是通过负责仲裁事务的行政主管部门，掌握仲裁机构的人事权和财政权。
(1)人事权。行政主管部门在仲裁机构组建阶段结束后，仍然保留了对仲裁委员会负责人的任免权和对仲裁员的聘任审批权，甚至大量现职行政人员兼任仲裁员。由此形成的局面是：行政机构控制仲裁机构(负责人乃至仲裁员)，仲裁机构控制当事人对仲裁员的选择权。最终，当事人通过协议自愿、自由地选择仲裁者的入口控制权被架空，如前所述的市场化的仲裁权制约机制遭到破坏。
(2)财政权。“收支两条线”的财政管理模式，剥夺了仲裁机构在自收自支模式下所享有的自我管理、自主分配、自负盈亏的权力，收支两条线的财政管理模式切断了仲裁市场的生产与收益之间、仲裁服务的提供者与受用者之间的直接联系，导致市场制约机制失灵。一方面强化了仲裁机构基于对财政拨款的欲求而产生的对行政权的依赖、依附和屈从;另一方面弱化了仲裁机构通过报酬分配吸引优秀仲裁员和据此获得市场竞争优势的能力。
行政权对仲裁机构的人事控制和财政控制间接地甚至直接剥夺了当事人对仲裁的选择权和制约权，一些地方甚至通过行政手段推行仲裁的“措施”(比如要求所辖企业的合同选择仲裁率达到一定数字)，从根本上改变了仲裁权来源于当事人自愿授权的性质。既然仲裁机构和仲裁员的权力资源实际上来源于行政强制，而不是市场选择，那么，听命于行政控制、丧失仲裁独立和自治，是合乎逻辑的结果。行政机关作为案外人对仲裁权的场外制约，与作为利害关系人的当事人对仲裁的入口控制和过程控制相比，哪一个制约机制更有利于生产出客观、有效、健康、公正、高效的仲裁裁决，已是不言自明了。
