1、设置体系不同。一般自首与准自首仅规定于刑法典总则中，而特别自首制度则是由刑法典分则所自行设立和规定的。
2、效力范围不同。一般自首和准自首制度因规定于刑法总则而具有适用效力上的普遍性，从而适用于刑法分则和特别刑法所设置的一切罪种，而特别自首却只适用法定化的特定罪种，目前仅限于受贿罪的三种外围犯罪；在对于上述三种特定罪行的适用上，虽然存在个别情况下适用总则关于自首的规定，但是大多数情况下却是直接排除了一般自首与准自首适用于此类犯罪的可能性。
3、适用对象不同。一般自首适用于人身自由未受到剥夺、存在投案条件的所有犯罪人；准自首仅适用于被采取强制措施的犯罪嫌疑人、被告人和正在服刑的罪犯；特别自首则适用于犯有对公司和企业人员行贿罪、行贿罪或者介绍贿赂罪的特定犯罪人。
4、成立条件不同。一般自首的成立须同时具备自动投案和如实供述自己的罪行两个条件；准自首的成立须以上述适用对象的犯罪人主动供述其尚未被司法机关掌握的本人其他罪行为条件；特别自首的成立须以上述适用对象的三类犯罪人在被追诉前主动交待其所犯的对公司和企业人员行贿罪、行贿罪或者介绍贿赂罪为条件。
5、处罚原则不同。对于成立一般自首和准自首的犯罪人，刑法规定可以从轻或者减轻处罚，其中罪行较轻的，可以免除处罚；对于成立特别自首的犯罪人，刑法规定可以减轻处罚或是免除处罚。即刑法分则规定的特别自首从宽处罚的程度一般要大于总则规定的自首。
6、立法导向不同。刑法总则所设立的一般自首和准自首，是针对所有犯罪和适用于所有犯罪人的；而刑法分则所规定的特别自首制度，则是根据我国的现实国情而针对特定犯罪和特定犯罪人的，设立的目的在于鼓励实施“从罪”的犯罪人自首，借以打击性质和危害更为严重的相关主犯罪。当前限定为附属于受贿型犯罪的从属性犯罪，即上述三类特定的行贿和介绍贿赂之犯罪。
