取保候审是刑事诉讼活动中一项重要的强制措施，但在适用中出现了一些不良倾向，影响了刑事诉讼活动的正常进行，使这一强制措施起不到应有的作用，干扰和破坏了法律的严肃性和强制性，从而也暴露了立法和司法中的种种问题。
1、法律适用弹性大。我国刑诉法第五十一条规定了取保候审的适用范围，根据此规定精神，取保候审应仅适用于罪行轻微，不够逮捕条件或者罪该逮捕，但由于某种原因不宜逮捕的犯罪嫌疑人和被告人，但由于此规定过于笼统、原则、宽泛，缺乏可操作性，特别是“采取取保候审不致发生社会危险性”的标准不确定，完全由办案人员依据主观判断自行决定，主观色彩较浓，这些判断往往因脱离客观实际而出现偏差。在司法实践中，办案机关通常对患有严重疾病，正在怀孕或哺乳自己婴儿的犯罪嫌疑人、被告人采取取保候审。但也有的办案机关和办案人员对于一些严重危害社会治安的犯罪嫌疑人，对累犯、犯罪集团的主犯、以自伤自残办法逃避侦查的犯罪嫌疑人，以及其他犯罪性质恶劣、情节严重，本不应该适用取保候审措施的犯罪嫌疑人也适用了取保候审。取保候审适用随意性和盲目性，直接为结案、证人作证、案件质量带来了比较严重的消极影响，致使被取保候审者在解除羁押后潜逃、翻供、串供，诱使证人翻证等情况屡屡发生，一些案件不得不被搁浅。与此同时，对于一些本可以采取取保候审措施的犯罪嫌疑人、被告人，一些办案机关却把握较严，没有采取这一措施，从而侵犯犯罪嫌疑人、被告人的合法权益，甚至出现羁押期与刑期“倒挂”的现象，严重损害司法机关的权威和公正形象。实际情况说明，取保候审存在严重缺陷，不是以充分有效地发挥该强制措施的制约作用。由此，一方面造成了对少数犯罪分子的放纵，另一方面却导致司法机关过分倚重羁押性强制措施的使用在一定程度上影响了逮捕制度的谦抑原则的贯彻，难以从最大限度上保障犯罪嫌疑人、被告人的自由权。
2、一保了之无人管。我国刑诉法第五十八条规定取保候审最长不得超过十二个月，且在取保候审期间，不得中断对案件的侦查、起诉和审理。根据此规定，取保候审作为一种强制措施，只是刑事诉讼的一个环节，绝不能作为案件的最终处理结果。但有些办案机关将取保候审变相地作为一种结案方式，对被取保候审者“一保了之”。一旦对犯罪嫌疑人采取了取保候审措施，即中断了对案件的继续侦查，甚至对于检察机关退回补充侦查的案件也如此，对案件不闻不问，在收集证据，查清事实上未有任何进展。由于不及时补充侦查或拖着不补致使取保期内无法结案，导致案件不了了之。有的办案机关任凭取保候审超过十二个月，且期限届满后，不作任何规定，使犯罪分子逃避了应有的法律打击。
3、人保财保同时用。刑诉法第五十三条、两高两部《关于取保候审若干问题的规定》第四条都明确规定，对同一犯罪嫌疑人、被告人决定取保候审的，不得同时使用保证人保证和保证金保证。但在保证方式的适用上，多数办案机关决定取保候审时优先选择保证金保证，且往往在收取保证金之后，又责令犯罪嫌疑人、被告人提供保证人。在他们看来，收取保证金可以缓解、弥补办案经费的不足，但又担心保证金约束力软化，被取保候审者不遵守有关义务性规定而使案件向不利方向演变，于是为保险起见，只好违反有关法律规定，人保、财保同时使用，搞所谓“双保险”，给被取保候审的犯罪嫌疑人、被告人增加约束力量。在司法实践中，保证金保证和保证人保证并用的情况比较常见。
4、违规收取保证金。在取保候审中，保证金与办案机关挽回国家和集体经济损失、犯罪嫌疑人和被告人退赃没有直接关连。因此，刑诉法和有关司法解释规定，取保候审者未违反有关义务规定，在取保候审结束的时候，应当退还保证金。如刑事诉讼阶段发生变化时，受案机关决定继续以保证金形式取保候审的，原则上不变更保证金数额，不再重新收取保证金。有的办案机关在保证金的收取上，并未综合考虑当地的经济发展水平，犯罪嫌疑人、被告人的经济状况、案件的性质、情节、社会危险性以及可能判处刑罚的轻重等因素，来确定收取保证金的数额，而任凭办案人员主观确定，有的甚至与犯罪嫌疑人、被告人家属“讨价还价”，很不严肃。在保证金的没收、退还上，程序不规范，没收乱，往往借故不退还。事实上保证金大都没收多，退还的少。有的办案机关不考察犯罪嫌疑人、被告人在取保候审期间的表现，不问其是否违反义务性规定，而以传唤不到位或未经批准离开居住地等理由，任意下达没收保证金决定书，拒绝退还保证金。有的办案机关在取保候审到期后，即不申请解除，也不对保证金作出处理，成为变相没收。
6、决定机关自执行。刑诉法第五十条、第五十一条规定，取保候审由公检法三机关根据案件的情况依法作出，统一由公安机关执行。根据现行法律规定，公安机关既是取保候审的执行机关，也是是否违反法定义务的确认机关。但在司法实践中并没有得到很好的落实。各办案机关大都没有严格遵循法律的规定，做到决定机关与执行机关的分离，而是“各家唱各家的戏”，自己决定，自己执行。公安机关警力有限、操作程序相对繁琐及公检法三机关在保证金归属问题上的不同想法，使公安机关执行取保候审的规定丧失了立法价值。公安机关对保证人是否履行保证义务大多不闻不问，特别是对于检察、审判机关作出的取保候审决定，更是不负责任。并且，由公安机关自行决定适用取保候审，就会出现决定权与执行权不分的情况，而且法律未规定相应的监督措施，发生公安机关滥用职权侵害犯罪嫌疑人人身自由的违法行为在所难免，严重损害司法机关的执法形象和权威。
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