单位犯罪中的主体问题，主要包括以下三种情形：“一元公司”的单位犯罪主体问题。“一元公司”是指在实行注册资本认缴制、取消最低注册资本限制后，注册资本为一元钱的公司。就理论上而言，既然“一元公司”已经获得了公司法上的独立法人地位，如果其不存在所谓“刺破公司面纱”的情形，不存在公司股东客观上滥用公司的独立人格、股东控制滥用行为的情形，不存在客观上损害了债权人利益或社会公共利益的情形等，应以单位犯罪认定。但问题是，该“一元公司”与一个承担无限责任的非公司制企业的企业主犯同等罪的情况下，要依据单位犯罪与自然人犯罪的不同刑罚配置予以区别量刑，那么，罪刑平等和罪刑相当原则是否受到实质上的侵害，值得深思。
“一人公司”的单位犯罪主体问题。“一人公司”，也叫独资公司、独股公司，是指仅有一个股东持有公司全部出资的有限公司或仅有一个股东持有全部股份的股份有限公司。2013年修改后的公司法在第57条至第63条作出了对“一人公司”的相关规定，对“一人公司”予以承认和规范。与“一元公司”一样，自然人“一人公司”的行为能否构成单位犯罪的判断标准同样在于其是否具有独立人格。
无法否认合法成立的“一人公司”齐备公司法所要求的构成“法人”单位的一切形式要件，问题是，且不说立法者在创制单位犯罪之初本未预料出现“一人公司”的可能性(“一人公司”构成单位犯罪并非刑法之“立法本意”)，仅就合理性分析，如果承认“一人公司”具有独立于自然人股东的独立人格，那么又该如何解读与区分加诸于同一犯罪行为之上的，本是“一套班子”却被硬拆分成“两块牌子”的“一人公司”与“一人股东”的不同的独立人格？“外国公司”的单位犯罪主体问题。在自贸区内的外国公司可能涉嫌单位犯罪的情形大致有以下两种：一是外国公司在自贸区内设立的分公司。
一些外国公司虽然没有在我国境内获得法人资格，但因其需要经常在我国境内参与各种商事活动，会在我国成立分公司。由于分公司是总公司的组成部分，没有独立的财产和经费，如果判决分公司负责人刑事责任，并对单位判处罚金，单位犯罪的刑事责任是否应由设立该分公司的外国公司承担？二是自贸区内的“外国投资主体”本身。
2003年最高人民法院研究室《关于外国公司、企业、事业单位在我国领域内犯罪如何适用法律问题的答复》曾对此类问题作出具体解释。自贸区内的外国投资主体若是在我国境外成立的外国公司，又应如何具体适用该答复？“一元公司”“一人公司”的出现势必冲击传统意义上的公司与公司所有人(股东)人格分离理论，不可避免地导致公司与公司所有人之间的人格混同，出现单位犯罪主体上的定性争议，进而发生相同犯罪行为区分量刑的罪刑失衡状况。与此同时，为了应对自贸区内“外国公司”持续涌入的现实需要，也需要我们对单位犯罪相关立法作进一步的修正与完善。笔者对此提出以下建议：
一是以单位犯罪与自然人犯罪的刑罚趋同化应对公司与自然人主体的界限模糊化。时至今日，以自贸区内的创新实践为例，“一元公司”与“一人公司”的出现早已使传统观念中的集体与个人、公家与私利等对立概念变得模糊难辨，世易时移，刑法中本就不占多数的，对单位犯罪与自然人犯罪区别配刑的规定自然也就没有了必要性与合理性。在自然人和单位均能构成同罪犯罪主体的情况下，刑法分则应当对同一罪规定相同的刑罚，真正实现同罪同罚的刑罚原则。
二是把握好单位犯罪认定上的尺度，以应对外国公司单位犯罪趋增态势。在司法实践中，对于单位犯罪的认定，我国司法机关一直持有谨慎的态度，对于外国公司的犯罪行为惩治则更为谨慎。但是，在自贸区正式设立后，随着各种类型外国投资主体的不断涌入，自贸区内包括外国公司在内的各类外国投资主体犯罪现象势必日趋增多。对于自贸区内的外国公司、企业或组织实施有关犯罪行为的，如果有确凿的证据证明系境外合法存在的公司、企业或组织，就应对其直接负责的主管人员或直接责任人员追究单位犯罪的刑事责任。如果难以证明外国投资主体系以单位身份实施犯罪的，应对行为人所实施的严重危害行为以个人犯罪论处。
