一是加强科研项目和资金配置的统筹协调。根据国家战略需求和科技发展需要，设立和优化整合各类科技计划、专项和基金，建立绩效评估、动态调整和终止机制；在有关部门间完善科技工作重大问题会商沟通机制，形成重点工作安排和部门分工；重大科技事项按程序报国务院决策；建设统一的国家科技管理信息系统，着力解决科技资源配置重复分散低效等问题。
二是实行科研项目分类管理。基础前沿类项目突出创新导向，充分尊重专家意见，营造“鼓励探索、宽容失败”的实施环境；公益性项目强化需求和应用导向，充分发挥行业主管部门作用，提高项目的系统性、针对性和实用性；市场导向类项目突出企业主体，发挥市场对技术研发方向、要素配置等的导向作用；重大项目突出国家目标，主要采取定向择优方式遴选优势单位承担项目，集中力量办大事。
三是改进科研项目管理流程。针对不同项目类别和要求编制项目指南，固定时间发布指南，受理项目申请时间原则上不少于50天；规范立项审查行为，健全立项管理的内部控制制度，及时反馈项目评审意见，项目评审周期原则上不超过120个工作日；明示项目审批流程，实现立项过程“可申诉”、“可查询”、“可追溯”；加强项目验收和结题审查。
四是改进科研项目资金管理。除定额补助外，项目管理部门不得在项目申请前先行设定预算控制额度，科研单位按项目需求编制项目预算，结合当地实际等因素按实际需要编制劳务费预算；间接费用资助强度与单位信用评价挂钩，绩效支出安排要充分体现科研人员价值；进一步扩大单位预算调整审批权和结余资金使用权。
五是加强科研项目和资金监管。明确科研项目和资金使用中明令禁止的行为，加大巡视检查、专项审计等监管工作和违规处罚力度；探索推行“公务卡”结算，实现痕迹管理；建立信用记录评级制度和“黑名单”制度，完善逐级考核问责机制和责任倒查制度，构建监管服务长效机制。
六是建立健全信息公开、科技报告等基础性制度。将科研项目和资金管理的相关信息尽可能公开，接受社会监督，让资金在阳光下运行；建立国家科技报告制度，让国家科技资源持续积累；充分发挥专家咨询作用，实行评审评估专家轮换和调整机制，吸收一线科研人员和海外高水平专家参与评估评审，一线科研人员的比例达到75%左右。
七是进一步调动科研人员积极性。完善科研人员收入分配政策，健全与岗位职责、工作业绩、实际贡献紧密联系的分配激励机制。推进科技评价和奖励制度改革，鼓励科研院所、高校和企业创新人才双向交流，完善兼职兼薪管理政策和促进科研人员成果转化的收益分配政策，落实激励科技创新的税收政策，让创造性智力活动得到应有的回报，让科技创新的核心要素真正活起来。
八是强化项目承担单位法人责任和有关部门的管理和服务责任。项目承担单位要切实履行在项目申请、组织实施、验收和资金使用等方面的管理职责，加强支撑服务条件建设，提高对科研人员的服务水平。各有关部门要督促指导项目承担单位和科研人员依法合规开展科研活动，做好经常性的政策宣传、培训和科研项目实施中的服务工作。
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