1、侵犯的客体不同。非法剥夺公民宗教信仰自由罪侵犯的客体是公民的宗教信仰自由权,既包括信仰某种宗教的权利,也包括不信仰某种宗教的权利;煽动民族仇恨、民族歧视罪侵犯的主要客体则是各民族的平等权,即宪法和法律所规定和保护的全国各民族之间团结、平等、互助的关系。
2、客观要件不同。非法剥夺公民宗教信仰自由罪的客观方面表现为具有非法剥夺公民正当的宗教信仰自由,情节严重的行为。所谓非法剥夺,是指违反法律规定,采用暴力、胁迫或其他手段,禁止和干涉他人的宗教信仰。如阻挠公民或教徒参加正当的宗教活动,捣毁或封闭宗教活动场所及必要设备,强迫公民改变自己的宗教信仰等。煽动民族仇恨、民族歧视罪的客观方面则表现为行为人以鼓动、劝诱或者其他方法对某一或某些民族进行蛊惑,以期在不同民族之间制造相互仇恨、相互歧视的状态或心理,甚至引起民族之间的直接纠纷和冲突。其煽动的方法多种多样,如书写、张贴、散发标语、传单、印刷、散发非法刊物;录制、播放录音、录像;发表演讲、呼喊口号等。至于被煽动者是否受煽动而从事破坏民族团结的活动,则对它罪没有影响,只是在量刑时应予以考虑。
3、主体不同。非法剥夺公民宗教信仰自由罪的主体为特殊主体,即只有国家机关工作人员,才可能构成本罪;煽动民族仇恨、民族歧视罪的主体则为一般主体,即只要是年满16周岁的具有刑责任能力的自然人,实施了煽动民族仇恨、民族歧视行为的,都有可能构成本罪。
4、主观不同。虽然两罪在主观方面都是出于故意,但两罪行为人的具体认识则不同。非法剥夺公民宗教信仰自由罪的行为人明知他人有宗教信仰自由权利,自己的剥夺行为是非法的而故意实施;煽动民族仇恨、民族歧视罪的行为人明知自己的煽动行为可能导致不同民族之间相互为敌或相互歧视而积极为之。