关于单位实行犯罪，自然人提供帮助情形中，如何分别确定单位主犯与自然人从犯的刑事责任问题。单位实施犯罪，自然人提供帮助，依照共同犯罪的原理，单位是主犯，自然人是从犯，这当无疑问。但是，如何分别确定单位主犯与自然人从犯的刑事责任，存在争议。一种观点认为，从罪刑相适应的角度，对自然人和单位均按照单位犯罪的量刑幅度来定罪处罚，比较符合案件的实际情况。比如走私普通货物、物品罪中，对个人按个人走私来处理，很可能造成对从犯的处罚比对主犯的处罚还重。另一种观点认为，对这种情况仍然应当分别适用单位犯罪和个人犯罪的条款处罚。理由是：从立法原意角度，以走私普通货物、物品罪为例，单位犯罪因为有责任分担问题，有为团体谋取利益的因素，对其定罪处刑较轻。但是个人参与走私，与其参与其他共同犯罪没有本质区别。对单位与个人分别适用相关条款处罚，与各自社会危害性相适应。而且，刑法修改后，对从犯从轻、减轻处罚，也是对与其犯罪相适应的法定刑从轻、减轻，不存在比照主犯从轻、减轻的问题。因此，应当分别适用个人犯罪和单位犯罪的法律规定进行处罚。
关于单位是不是刑法意义上的身份犯问题。理论界对单位是不是刑法意义上的身份存在争议。笔者认为，单位犯罪与自然人犯罪一样，也存在身份犯，即特殊的单位才能构成的犯罪，例如刑法第一百二十六条规定的违规制造、销售枪支罪，该罪的主体是特殊单位，即依法被指定、确定的枪支制造企业、销售企业，其他一般单位不能构成此罪。除此之外，单位本身也可以被视为是一种身份。解决了单位的身份犯问题，在单位是主犯，自然人是从犯的共同犯罪场合，如何确定自然人从犯的刑事责任，就涉及到非身份犯与身份犯的共同犯罪认定问题。刑法理论界对此有不同的观点：(1)主张以主要实行犯的定罪处罚标准为基点。在单位为主实行犯罪，个人起次要或帮助作用的情形下，定罪量刑均应适用单位犯罪的相关规定。(2)主张按主犯的犯罪性质来定罪。
单位与自然人共同犯罪，相当于有身份者与无身份者共同犯罪，确定无身份者的刑事责任可适用区别对待的原则，即：单位与自然人同为实行犯的情况下，一般应当依照单位的犯罪性质定罪，但也有可能出现分别定罪的情况。(1)单位与自然人只是各自利用本人的身份或职务便利，并没有利用对方的身份或者职务便利，也应认定构成共同犯罪，但应分别定罪处罚。单位与自然人不仅利用了本人的身份或职务便利，而且还相互利用了对方的身份或职务便利，宜按其中刑法重点保护的身份客体即重点打击的职务犯罪来确定共同犯罪的性质，对各行为人按统一的罪名定罪处罚。具体而言，在共同犯罪中，当单位是主犯，自然人是从犯时，定罪量刑均应适用单位犯罪的相关规定。理由在于，依照单位犯罪的相关规定确定自然人的刑事责任，不会造成自然人从犯的刑事责任大于单位主犯的量刑失衡的后果。在经济犯罪中，单位犯罪的起刑点一般远高于自然人犯罪的起刑点，如果采取单位主体与自然人主体分别量刑的方法，就很有可能出现单位不构成犯罪或者构成轻罪，而自然人构成犯罪或者构成重罪，主、从犯之间量刑失衡，甚至是倒置，显然不利于惩治犯罪。
此外，当单位与自然人在共同犯罪中所起作用相当时，也就是都是主犯时，对犯罪单位与犯罪自然人应分别按照各自的量刑标准确定刑事责任，不必对自然人再适用单位犯罪的相关条款。当然，由于刑法对单位和自然人设置的量刑幅度存在一定差别，在某些犯罪中可能悬殊还较大，因此在分别对单位与自然人确定刑事责任时要充分注意两者间刑罚的均衡，避免差距过大。例如，在走私普通货物、物品犯罪中，往往会出现单位不构成刑事责任而自然人构罪的情况，这时如果对单位和自然人分别定罪，单位不构罪，自然人构罪。考虑到单位与自然人是共同实施走私犯罪，即使不追究单位的刑事责任，也要有相关主管单位对其施以必要的行政处罚；而在对自然人定罪的前提下，对其可从轻量刑，符合法定条件时可考虑免予刑事处罚。
关于自然人在共同犯罪中起主要作用，单位起次要或者辅助作用，如何确定单位的刑事责任。如果该自然人实施的犯罪，单位也能够构成，自然人主犯适用刑法关于自然人犯罪的刑事责任规定，单位从犯适用刑法对单位犯罪规定的刑事责任。例如在走私犯罪中，自然人是走私普通货物、物品罪的主犯，按照刑法第一百五十三条的规定确定刑事责任大小；单位与该自然人主犯通谋，为其提供发票的，按照刑法第一百五十六条的规定以走私罪的共犯论处，应当适用刑法第一百五十三条第二款的规定，对单位判处罚金，并对其直接负责的主管人员和其他直接责任人员判处三年以下有期徒刑或者拘役；情节严重的，处三年以上十年以下有期徒刑；情节特别严重的，处十年以上有期徒刑。最高人民法院《关于审理走私刑事案件具体应用法律若干问题的解释》对单位走私普通货物、物品罪适用刑罚的具体情节作出了规定。对应自然人走私普通货物、物品罪具体刑事责任的规定，单位从犯相比自然人主犯，其刑罚显然轻缓。可见，在自然人是主犯、单位是从犯的场合，自然人主犯和单位从犯分别按照各自的规定适用刑罚，不会出现单位从犯中单位成员的刑罚要重于自然人主犯的刑罚的情况。
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