时任全国人大法工委国家法室主任的陈斯喜主持了会议，并将各种修改意见统一整理。在2008年5月中国政法大学宪政研究所举办的“改革开放30年与宪政发展”论坛上，陈斯喜当时透露，提高赔偿标准、弱化甚至取消确认程序将成修改重点。
但2008年10月28日向社会广泛征集意见的该法修正案草案，却让许多曾经参会的学者感觉被泼了一盆冷水。修正案草案虽有小部分采纳了学者的建议，如明确精神损害赔偿、确定双方举证义务，取消确认程序等，但此次修改的整体框架，的确符合“小修小补”原则，与之前的几次讨论方向并不吻合。
“一部合理公正的《国家赔偿法》本可以在很大程度上把这些社会矛盾化解于体制之内。为实现这一目的，目前的《国家赔偿法》就不得不做结构性、系统性和原则性的修改。小修小补的《国家赔偿法》，还不如暂缓修改。”北京大学法学院教授陈端洪也对《中国新闻周刊》说。
《国家赔偿法》修正中争议最大的是归责原则，也就是哪些行为该纳入国家赔偿的范围。目前修正案草案仍然沿袭此前的违法归责原则，也即只有国家机关或工作人员违法了，才能纳入国家赔偿范围。这就造成了国家赔偿范围过窄问题。
马怀德认为，这也是很多国家赔偿案件不被受理的重要原因之一，原因就在于，违法归责“漏掉”了很多国家侵权行为。
国家赔偿实践证明，单一的违法归责原则难以适用形式多样类型迥异的侵权行为。行政法律行为、司法行为、事实行为和公有公共设施致害应当分别适用不同的归责原则，应当建立以违法原则为主、过错原则和结果原则为辅的多元归责原则体系。
比如，公共设施致害是否纳入国家赔偿?1999年1月4日18时50分，重庆市綦江县彩虹桥发生整体垮塌，造成40人死亡，14人受伤。2007年8月13日下午，湖南湘西自治州凤凰县凤大公路堤溪大桥跨塌，造成64人死亡。这些大桥垮塌案的赔偿既非交通事故赔偿，也非消费领域的赔偿，而是一个建筑物由于质量问题造成了人身损害的赔偿，具有国家赔偿的性质。这种赔偿，按照国外的通常立法，属于国家赔偿，即国有公共设施设置及管理欠缺致害的行政赔偿责任。马怀德建议增加公有公共设施致害赔偿，适用结果归责原则。
另外，国家机关工作人员不作为行为是否纳入国家赔偿范围?如《华西都市报》报道的四川阆中市公安局“不作为”一案：1998年5月16日，四川省阆中市水观镇农民李茂润遭本镇龙家沟村农民、精神病患者郑国杰手持锄禾刀追打。之后李茂润到阆中市公安局水观派出所报案。在此后三天中，李茂润又继续遭到郑国杰的纠缠和厮闹，李三次到水观派出所请求保护，但却无人理睬。19日，郑手持镰刀来到李家，李茂润用电话报警，但派出所却未派人前来。为了逃命，李茂润被迫从二楼跳下，右腿多处粉碎性骨折，属八级伤残。2001年9月，阆中市公安局因“不作为”一审败诉。
北京大学宪法与行政法学研究中心和中国政法大学提出的对修正案草案的修改意见中，都建议将行政不作为引入国家赔偿范围。即“行政机关及其工作人员不履行或者拖延履行法定职责，或者在履行职责时未尽到合理注意义务，造成公民身体伤害或者死亡，或者造成财产损害的，受害人有取得相应赔偿的权利”。
对这些修订意见能否被采纳，法学界充满担忧。“比如三鹿奶粉事件，大家都要求对政府的不作为行为进行赔偿，如果国家赔偿法将政府不作为行为纳入损害赔偿，人大可能会考虑政府各部门将要承担更多的压力，法院判这类案子把握起来也比较困难。”马怀德认为。
在此次《国家赔偿法》修正案草案公布前，精神损害赔偿没有纳入国家赔偿范围。此前的精神赔偿仅限于处于平等地位的公民之间民事侵权案件，对于行政机关在其行使行政权力过程中的严重侵犯公民人格健康权的行为，则不在赔偿之列。
如引起广泛争议的案件，是2001年陕西麻旦旦“处女嫖娼案”。2001年元月8日晚，陕西泾阳县蒋路乡派出所干警王海涛将一家美容美发店的19岁少女麻旦旦带回派出所轮流单独讯问，要求麻旦旦承认与某男有过不正当性行为，并非法讯问了23小时后裁决为“嫖娼”，决定对麻旦旦拘留15天。麻旦旦做了处女检查，证明自己是处女。麻旦旦要求赔偿精神损害费500万元。但5月19日咸阳市秦都区法庭一审判决，麻旦旦仅获赔74.66元。
此次修正案草案明确了精神损害赔偿，具体规定为：致人精神损害，造成严重后果的，应当支付相应的精神损害抚慰金。但规定的模糊不利于具体案件的裁决。
但《中国新闻周刊》采访的很多法律学者普遍认为，“精神损害抚慰金”应该准确称之为“精神损害赔偿金”，这不仅是一种抚慰，还暗含了对赔偿义务机关的责难和谴责，数量和标准可以考虑更高一些。另外所有的损害赔偿案中都涉及到一个精神损害赔偿问题，都应该获得精神赔偿。
争议的另外一处焦点是，修正案草案规定的金钱赔偿标准和数额仍然偏低。比如死亡赔偿金，现在规定为应当高于年度职工年平均工资的20倍，北京大学法学学者建议认为应该提高至30倍，中国政法大学建议认为，还要综合考虑受害人的年龄、职业等因素。
在交通事故中，就曾出现过这样的案例，本来由于不慎，将对方撞成伤残，但由于考虑到目前伤残赔偿金高于死亡赔偿金，不惜一错再错将对方致死。
修改现有赔偿程序也是学者建议修改的重点。此次修正案草案取消了确认程序，被认为是很重要的进步。此前受害人如果想获得赔偿，必须走确认程序，但若赔偿机关或司法机关拒绝确认的话，受害人就无法进入到赔偿程序中。现在取消了确认程序，意味着受害人只要遭受了损害，就可以进入赔偿程序。
作为当年参与制定《国家赔偿法》的学者之一，马怀德对此次《国家赔偿法》的修订并不乐观。
关于“对重大问题瞻前顾后，照顾左邻右舍”的修改思路，一位接近人大法工委国家法室的学者认为，所谓的“顾后”，可能考虑到如果改动过大，发生在历史中如文革甚至“三反五反”中的冤假错案若全部都翻出来，牵涉面太广，并且不利于社会稳定。
而“左邻右舍”，是指国家赔偿制度涉及到与其他法的衔接问题，比如与《行政诉讼法》《行政复议法》、包括《宪法》中的一些行政补偿、受害人补偿、政策性补偿的法律衔接问题等。如果把国家赔偿的漏洞补齐了，其他法将面临更大的挑战。
还有国家赔偿制度体制上的障碍，如赔偿义务机关先支付赔偿金，然后再到财政部门申请合拨报销的程序，这无疑是要求赔偿义务机关到财政部门“认错”;《国家赔偿法》的实施被迫与错案追究制度挂起钩来，《国家赔偿法》变成了责任追究制度，赔偿义务机关只有想办法不赔偿。
“其实以上问题都不是问题，只要想大修，完全可以规定适用时限，至于相关配套法律，修改中可以同步推进，互相呼应。”北京大学法学院教授、宪法与行政法研究中心主任姜明安表示。
姜明安还认为，大修的条件已经完全具备，首先从市场经济发展程度看，要求政府担负保护公民财产的责任。另外，这些年我国民主法制制度日益完善，国家法制经过多年的发展，相对于1994年已经具备了更多的制度保障。
《国家赔偿法》的修改的工作思路上指出“要服务于改革发展稳定的大局”，但记者采访的多位专家都表示，若不进行系统性修改长远看势必影响法律的尊严和长期适用性，甚至社会稳定。
原因在于，《国家赔偿法》的系统性缺陷导致很多社会矛盾(尤其是官民矛盾)无法在体制内解决，促使这些矛盾激化为体制外的激烈的或群体性的抗争，演化为社会不安定因素。近些年的各种群体性抗争和上访事件不断，更是证明了这一点。
按照中国的《立法法》规定，法律的通过 (或修改)需经三次审议程序。目前修正案草案经过了“一读”，在3或4月份，全国人大常委会将对《国家赔偿法》进行二次审议。姜明安认为，国家赔偿法的修订，虽不可能大修，但绝不会是简单的小修小补，一定会将法学界的共识部分采纳进去，如果顺利的话，该法会在6月前后的第三次审议中通过。
