有关专家认为，这种不伦不类的非诉讼程序严重影响案件质量，应在司法赔偿审理中推行合议制，才能更好地保障当事人合法权益。
国家行政学院法学部副主任杨小军教授指出，虽然同属国家赔偿，但司法赔偿与行政赔偿适用的程序不同，司法赔偿的决定程序，没有具体规定，没有细则，没有标准。决定程序不公开、不质证、不辩论，一裁定终局，既非行政程序又非诉讼程序，不伦不类。当事人不服、不信、不履行，也无从救济。
重庆市高级人民法院国家赔偿办副主任洪其亚说，根据《国家赔偿法》的规定，国家赔偿案件应由赔偿委员会审理，赔偿办公室只是委员会的工作机构，无权直接审理和决定案件。长期以来，在司法赔偿的审判方式上，赔偿委员会只判不审，赔偿办只审不判，审理和决定环节分离，束缚了审判人员的手脚，也制约了并在一定程度上影响了司法赔偿审判工作的开展。
《瞭望》新闻周刊了解到，2005年，最高人民法院明确提出，赔偿办是一个审判业务部门，审理案件时应当组成合议庭。把国家赔偿案件由《国家赔偿法》规定的赔偿委员会审理，改革为由合议庭审理为主的模式。
这在《国家赔偿法》没有正式修改的情况下，提出了一个大胆的改革创新模式。但具体如何操作，最高人民法院没有作出相应的规定。
辽宁省高级人民法院赔偿办主任赵英伟说，审理司法赔偿案件以合议制进行，既有助于提高办案质量，又能在保证赔偿委员会行使决定权的基础上提高审判效率。司法赔偿和行政赔偿都属于国家赔偿，行政赔偿部分，《国家赔偿法》规定了合议庭审理的模式；司法赔偿部分，《国家赔偿法》虽然规定的是赔偿委员会审理案件用决定的方式进行，但也没有赔偿办不能组成合议庭先行审查的禁止性规定。因此，司法赔偿可参照行政赔偿执行。
对于合议庭的审理方式，根据最高人民法院的规定，开庭审理是合议庭审理案件的主要方式。这些专家认为，考虑到司法赔偿案件与诉讼案件相比所具有的特殊性，合议庭审理该类案件，宜暂不采取开庭审理的方式进行。主要基于：《国家赔偿法》在程序上不完善、不具体，以合议庭审理该类案件尚属于起步阶段，若实行开庭审理方式，操作起来相当困难，时机也不成熟。可以待法律规定完善和条件成熟后，再行开庭审理。对于案情复杂、争议重大的案件，合议庭应当按行政诉讼的审理模式，参照行政诉讼的相关规定进行听证。这样既符合法律规定，又贯穿了司法改革思想，有利于提高工作效率。（黄豁 范春生）
