为了促进行政机关增强自我约束机制，保护受害人的合法权益，使抽象的国家赔偿具体化，国家赔偿法规定由赔偿义务机关代表国家承担赔偿责任。赔偿请求人对赔偿义务机关的赔偿决定或者不予答复不服而提起赔偿诉讼，就把实体争议引入诉讼程序。因此，行政赔偿诉讼的被告应当是指行政赔偿诉讼中被诉的行政赔偿义务机关。
根据《国家赔偿法》第7条第1款的规定，行政机关及其工作人员行使行政职权侵犯公民、法人和其他组织的合法权益造成损害的，该行政机关为赔偿义务机关。据此，行政机关及其工作人员行使行政职权侵犯公民、法人或者其他组织的合法权益引起的行政赔偿诉讼，该行政机关为被告。
《行政诉讼法》与《国家赔偿法》是一般法与特别法的关系。通常情况下，确定行政赔偿诉讼被告应当首先适用《国家赔偿法》的有关规定，在《国家赔偿法》没有特别规定时，才适用《行政诉讼法》的有关规定。对于二者均未作规定的情形，最高人民法院的司法解释确定了以下规则：
1、两个以上行政机关共同侵权，赔偿请求人对其中一个或者数个侵权机关提起行政赔偿诉讼，若诉讼请求系可分之诉，被诉的一个或者数个侵权机关为被告;若诉讼请求系不可分之诉，由法院依法追加其他侵权机关为共同被告。
2、复议机关的复议决定加重损害的，赔偿请求人只对作出原决定的行政机关提起行政赔偿诉讼，作出原决定的行政机关为被告;赔偿请求人只对复议机关提起行政赔偿诉讼的，复议机关为被告。
3、行政机关依据《行政诉讼法》第66条的规定申请人民法院强制执行具体行政行为，由于据以强制执行的根据错误而发生行政赔偿诉讼的，申请强制执行的行政机关为被告。
4、法院审理行政赔偿案件，需要变更被告而原告不同意变更的，裁定驳回起诉。
复议机关变更原具体行政行为的，可分为两种情况：(1)复议决定没有加重受害人的损害;(2)复议决定加重了受害人的损害。如果把两个法律的规定结合起来使用就会出现这样的矛盾;在前一种情况下，复议机关不履行赔偿义务但是应当作被告;作出原具体行政行为的行政机关依法不需作被告但应当履行赔偿义务。在后一种情况下，复议机关应当作被告但它只对复议决定加重损害的部分履行赔偿义务，对原具体行政行为造成的损害不负责;作出原具体行政行为的行政机关应当履行部分赔偿义务，但它无权作为行政赔偿诉讼被告参加诉讼。事实上，这种冲突属于一般法与特别法的冲突。《行政诉讼法》为一般法律规范，《国家赔偿法》的规定为特别法律规范。法院在审理复议决定加重原具体行政行为的损害的行政赔偿诉讼案件时，可以根据《国家赔偿法》规定的精神，以复议机关和作出原具体行政行为的机关为共同被告。
