《意见》为了保持政策的延续性，结合各历史征地周期的政策环境区别对待。该意见对于历史留用地问题的处理适用于2012年12月31日前，进入2013年之后的尚未解决的留用地问题均按新办法实施。
在此之前的留用地权责和流转等存在争议的情况，意见以2005年7月1日作为分界点分别施策。在这之前，由于彼时惠州还未发布全市统一的关于征地留用地政策规定，因此，相关征地协议中约定了安排征地留用地的给予解决留用地，未约定的则不予办理。
对于协议中可能出现不同标准的留用地比例，意见指出，被征地区域村民选择国有建设用地作为留用地安置，征地协议约定留用地面积小于征地面积10%的按原比例安排，留用地面积大于征地面积10%的原则上按10%安排；集体建设用地的，征地协议中约定留用地小于10%按原比例，大于征地面积10%的原则上按12%安排；对于选择货币折算的，协议中约定比例小于征地面积10%的，在原比例的基础上增加5%，给予折算货币补偿；留用地比例大于征地面积10%，增加5%后大于15%的原则上按15%给予折算货币补偿。
在《惠州市土地征收暂行规定》发布后的2005年7月1日至2012年12月31日之间，在留用地面积比例上有不同标准，国有建设用地按实际征收面积的10%安排；集体建设用地按12%安排；折算货币补偿的则按实际征收面积的15%进行折算。
在安排留用地所需费用的筹措问题上，意见以2007年7月1日作为分界点区分筹措主体。在此之前，选择国有建设用地作为留用地安置和选择集体建设用地作为留用地安置的，所有的征地留用地土地征收成本原则上由村集体承担，而选择折算货币补偿费用则由建设用地单位（或政府）承担。在此之后，三种不同的安置方式所需要的费用均由建设用地单位（或政府）承担。
