首先是批次审批方式不甚合理。根据规定，在规划确定的建设留用地范围内，可以实行分批次征地。存在的问题主要有：首先，容易导致多头批报、对用地的规模难以制约、对违法用地难以监管等后果。其次，由于一个报批件中包含了多个建设项目或者用地区块的征地材料和图件，每个项目前期准备进展又可能不一致，容易造成建设项目用地审批时间过长，降低项目审批工作的效率，而且不利于后期项目的管理和土地档案资料的查询和调用。
其次是征地报批周期长。按照现行规定的办卷时限，市、县土地行政主管部门组织报批材料是1个月，市级土地行政主管部门审查是5天，省级土地行政主管部门的审查期是10~15天，考虑各级政府的审查会签，待批准征用转用，一般要3个月。批后实施中，市、县在接到征地批准文件后10日内进行第一次公告，在公告之日起45日内拟订土地补偿安置方案并予以公告，另外，被征地单位及其成员办理补偿登记一般时限为15日左右，整个从组织报批到完成征地过程，大体需要近半年的时间。由于各地项目争取困难，很多地区只好打“擦边球”，边开工边办审批手续，往往项目投产运行数年，批文仍未办下来。
第三是“两公告一登记”程序设置不合理。主要表现在：首先，“两公告一登记”程序设置滞后。我国现在的程序是征地依法批准后进行“两公告一登记”，而补偿登记却在征地预公告时就已经按照当时的现状确定下来了，征地批后再进行征地补偿登记、征地补偿安置公告，忽视了农民的知情权，和当前征地工作提倡的“公众参与、充分尊重农民合法权益”的理念背道而驰。在实际操作中，被征地农村集体经济组织和农民作为征地过程当中的当事人之一，征地方在征地前没有履行告知义务，使农民没有知情权、参与权，不知道“补什么、补多少、失地后生产生活如何保障”等关系到自身生存与发展的重要问题，而只是在事后进行公告，很容易引发争议，甚至发生群发事件，影响征地工作的正常进行;其次，“两公告”内容相近，分开操作增加了不必要的政府办文程序，影响了行政效率;最后，程序中关于公告后“被征地农民进行补偿登记”的规定，在工作中难以操作。
第四是征地听证程序不够完善。经过几年的工作实践，听证这种形式以其客观公正、公开透明、程序规范、事实清楚等优点，得到了长足的进步和发展，逐渐被社会所接受，但是也存在一些问题：比如,规章制度的建设不够完善;公开程度不够高;农民参与不够广泛;监督措施不够到位;听证程序烦琐，周期太长，没有起到促进征地行为公开公平的作用。如果建设项目要修改土地利用总体规划，那么在一个项目审批过程中，将就同一内容举行两次听证，而且花费60天左右，周期太长，影响了项目的进展。
第五是征地报批材料繁多。在项目报批过程中，要准备包括报告、图纸等材料近20个，且缺一不可，一个项目仅仅是材料就有几十斤。不仅准备的工作量大，而且还容易造成浪费。
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