(1)土地补偿费的归属纠纷。一般情况下，地上附着物及青苗补偿费的归属不易发生纠纷，容易引起纠纷的通常是土地补偿费的归属。根据《中华人民共和国土地管理法实施条例》第26条第1款的规定，土地补偿费归农村集体经济组织所有。而根据《中华人民共和国土地管理法》第10条的规定，如果村内有两个以上集体经济组织，则它们之间就可能因征收补偿费的归属发生争议。
对于此种争议应如何解决，《土地管理法》及其《实施条例》并未做出明确规定。 农村集体经济组织与其成员间分配土地补偿金纠纷。农村集体经济组织与其成员间分配土地补偿金的纠纷是否属于司法审查的范围，法律法规没有明确规定。最高人民法院过去对此问题的复函、答复及立案庭意见也颇不一致。
(2)传统观念影响导致的分配权纠纷。调查显示：当前征地补偿费标准偏低，非常有限的补偿费用成为村民争夺的目标，每个人都想争得更多的补偿金，而排除他人参与分配，于是，借村民自治权利而剥夺他人的利益享有成为村民集体土地征用补偿费分配纠纷案件剧增的主要原因。对于嫁城女、入赘婿等能否享有分配权、享有多大分配权，因无明确的法律依据，在实践中各地各村依《中华人民共和国村民委员会组织法》在行使自治权中处理的结果相差很大，有的明确不能享有，有的限定满足一定条件才享有分配权，也有少数就给予分配权，但该分配权较同村组其他成员要小的多等，于是没有享有分配权或没有享有完全分配权的村民，以要求享有村民待遇为由，纷纷诉至法院，对该类案件因缺乏法律依据，在处理上随意性较大，很难使当事人服判息讼，往往导致越级上访或群体上访事件的发生。
户主变更。在家庭成员中，“第一轮”土地承包时为户主的父母到“第二轮”承包时大部分户主变更为子女，土地补偿费分配时又由户主到村民小组领取，这样部分子女与父母在赡养问题上发生纠纷，以致父母向子女追索土地补偿费。
(3)未被征用土地的户主争益。部分农户的土地未被征用，至村(居)民小组分配土地补偿费、房屋、土地补偿费的再生利益或利息时,以集体经济组织成员身份向村(居)民小组索取该利益，村(居)民小组实行差别待遇。
(4)其他：当事人认为其具有该集体经济组织成员资格，却被排除于分配范围之外而产生的纠纷。
