中央对地方土地征用的管理体制滞后。中央对地方用地申请的审批效率低下制约着地方政府的发展机遇。地方的征用申请的审批周期一般是半年到一年，导致地方政府“按规则行事”的成本很高。土地审批“流程管理”的高成本使地方错失很多发展机遇。而随着地方政府问竞争的加剧，“违规的成本”却很低，很多地方政府在实践中必然寻求“制度外”的土地供给渠道。因此，土地征用管理环节需要新的制度创新，应探索如何从流程管理过渡到总量监控，把动态和用地时序权利适当下放给地方政府，而中央在总量方面加强监管。
制度问题的另一方面是土地出让金管理上缺乏法律约束。土地出让金预算外管理激励了地方政府的卖地冲动。目前我国土地出让金收益管理基本是法律空白，缺乏权力约束。据统计，仅2006年第1季度全国就有近3000亿元的土地出让金留在地方政府。地方政府把土地出让金当成了“新的经济增长点”，激励地方政府最大限度的出让土地以获取最大化的土地出让金，造成国有土地出让金流失以及地方官员腐败案件的发生。
从法律意义上说，国有土地属于全民所有，全民所有的土地应该由国务院代表全民来管理。但实际情况是，国务院根据属地管辖的原则授权地方政府管理土地，而土地出让金管理权的划分和监管不明确导致地方政府把全民所有的土地收益“越权”管理了。同时，对于地方而言这项巨额的资产收入完全不经过同级人民代表大会的监督，造成“当家人不知道自己的家产”，“仆人当了主人的家”，国有土地资产收益成为地方政府和某些权力部门随意处置的预算外资源。
土地出让金制度管理的另一方面是理顺分配机制。2006年8月发布的《国务院关于加强土地调控有关问题的通知》([2006]31号文)明确提出，将提高新增建设用地土地有偿使用费的缴纳标准和城镇土地使用税、耕地占用税的征收标准。其目的，一是增加开发商成本，防止地方零地价，负地价出卖土地，造成土地资产的继续流失;二是合理地分配土地收益，兼顾土地出让收益在城市发展和农村建设方面的合理分配。如总收益的5%用于廉租房建设，15%用于农村土地开发和农村基础设施建设，50%-60%将用于拆迁补偿和土地一级开发。把收益在中央、地方和农民三者之间进行分配。
